一次追查残余军统人员以及和怀疑曾和军统有关的人物，“活人要落实到人头，死人要落实到坟头”。到1976年后，不再提及军统。
迁台后的军统局
1949年国府迁台。1950年，保密局恢复正式编组，于台北士林芝山岩设立局本部，持续执行情报蒐集，并主导台湾省工作委员会案及台北市工作委员会案等白色恐怖。
1955年，情报机构改制。保密局改组为国防部情报局。保防侦查等业务拨归“司法行政部调查局”接管。一般说来，该阶段先后实际执行者为毛人凤与蒋经国。
1984年发生江南案，当时之情报局长汪希苓亦被捕入狱，情报局再次大改组。1985年7月1日，情报局与国防部特种情报室并编成立军事情报局，隶属国防部参谋本部，受参谋总长直接指挥。
中统与军统的区别
中统是国民党党中央的情报机构。
军统是国民政府军事委员会的情报机构。
中统:“中国国民党中央执行委员会调查统计局”的简称。国民党C.C系陈果夫、陈立夫所控制的全国性特务组织。中统的前身是由C.C系分子所组成的国民党中央组织委员会党务调查处。1937年，党务调查处并入军事委员会调查统计局第一处，由C.C系分子徐恩曾任处长。1938年3月，在国民党临时全国代表大会上，经蒋介石提议，以军事委员会调查统计局第一处为基础，成立中国国民党中央执行委员会调查统计局，中统由此正式形成。
中统以各级国民党党部为活动基地，在省市党部设调查统计室，在省以下党部设专人负责“调查统计”，在文化团体和大专院校、重点中学广泛建立了“党员调查网”，进行各种反革命特务破坏活动。
军统:“国民政府军事委员会调查统计局”的简称，国民党统治集团为维护其统治而设立的特务组织。1938年8月成立。前身是“军事委员会密查组”(1927年建)、复兴社特务处（1932年4月建）、军事委员会调查统计局第二处(1937年建)
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