平助中将所率领的第10军在杭州湾登陆成功，这等于在国军的防线背后插了一刀。守了将近3个月的国军防线开始崩溃，败退往南京。第9师团和其他日军随即尾随展开了南京攻坚战。“鱼青”江的步兵第36联队于12月9日抵达南京的光华门，但是由于国军的顽强抵抗，到13日为止未能前进一步。然而随着在南京城外的雨花台、紫金山等阵地的陷落，南京防线全线溃退。13日日军占领了南京。除了谷寿夫所在的第6师团，第9师团、第3师团和第16师团等等都是南京大屠杀的罪魁祸首。之后，师团参加了徐州会战、武汉会战。于1939年回国，第二年（1940年），步兵第36联队被编入第28师团，师团成了步兵三个联队的编成。
1940年，师团再次被任命在满州驻屯，所分派的任务是满州地区的警备和对苏联的备战。太平洋战争爆发之后，第9师团依然驻守在满州。然而随着太平洋上日军的连连败北，驻扎在满州的精锐部队一个个被调上了太平洋前线，第9师团也不例外。1944年6月美军在中太平洋的重镇：塞班一举登陆。最初，第9师团是被准备作为抑制美军在塞班登陆的阻击部队而在塞班布防的。7月7日随着塞班守军的全军覆没，第9师团被编入第32军（担任冲绳防卫，指挥官：牛岛满中将）。第9师团在冲绳南部构筑了相当规模的阻击美军登陆的阵地（事后的事实也证明，让美军大尝其苦头）。从日俄战争开始到二战，第9师团都是在恶仗、硬仗中披荆斩棘的走过来，对此第32军的首脑给予第9师团极大的希望。并且按照第9师团的战术特点，量身订制了以第9师团为中心在滩头给美军致命一击的作战计划。但是为了填补部分部队从台湾调往菲律宾后，在台湾产生的兵力空白，第9师团无奈于12月末奉命前往台湾，尽管在第32军首脑的强力反对之下。失去第9师团的第32军放弃了积极的滩头阻击作战，不得已采用了利用地形的持久战的战略。1945年4月，美军跳过台湾直接攻击冲绳，日本大本营的许多作战参谋对于当时
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