十月，室町幕府将军足利义满通过神官吉田兼熙为媒介，向南朝提出了两朝讲和的条件，即明德和约。
同月二十八日，南朝君臣接受和约，带着三神器离开吉野，闰十月二日到达京都的大觉寺，同月5日，三神器从大觉寺被移到北朝后小松天皇所居住的土御门内里。
同时，南朝的年号元中被废除，后龟山天皇弟弟护圣院宫的东宫之位被废除，倭国的南北对立也算是宣告结束。
南北统一之后，后龟山居住在大觉寺里，时人称之为“大觉寺殿”或“南主”，享受室町幕府的优待。
洪武二十七年二月四日，后龟山第一次和足利义满在天龙寺会面，同月二十三日接受了“不登极帝”和“太上天皇”的尊号。
洪武三十年十一月二十七，后龟山辞退了自己的尊号和兵仗，足利义满也没有提出异议。
此后后龟山出家，法号金刚心，过上了隐居的生活，身边只有阿野实为、公为父子以及六条时熙等亲近的公卿侍奉，吉田兼熙、兼敦父子在身边进讲神道。
永乐八年十一月二十七，由于室町幕府违反了明德和约中两统迭立（由南朝系大觉寺统和北朝系持明院统交替继承皇位）的条件，准备立后小松天皇的儿子躬仁亲王为太子；后龟山突然出奔嵯峨，秘密临幸吉野，欲召集旧南朝势力以示抗议。
永乐十年，被伊逍一刀砍死的倒霉蛋躬仁亲王登基，成为称光天皇，永乐十三年，伊势国司北畠满雅发动叛乱，反对幕府。
在上野亲王（后龟山法皇的弟弟）的调停下，北畠停止了进攻，后龟山法皇同幕府达成和解。
永乐十四年，室町幕府认为将后龟山法皇安置在吉野十分危险，在广桥兼宣的交涉下，后龟山又回到了京都大觉寺。
然而伴随着躬仁称光被砍，干仁后小松和源义持又打算卖掉倭国的南部江山尤其是九州岛，熙成后龟山又一次跑路，并且召集了南部的所有守护大名，包括那些心向北朝的守护大名在内，打算彻底跟
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