为中军、左掖、右掖、左哨、右哨五营，亦谓五军、三千营，永乐时得边外三千降兵编成一营，故名为“三千”，全营骑兵部队。嘉靖中改名神枢营，还有神机营，全军装备各类火枪及火炮，为当时世界装备最优良的热兵器部队。
平时五军营负责驻守军营，三千营负责巡逻哨视，神机营则掌各类枪炮火器。
皇帝御驾亲征时，则皇帝御营居中，五军营分布防守御营之外，步兵布防内侧，骑兵布防外侧。骑兵之外为神机营布防，神机营外为堤围土墙，周长二十里，上面布置各种竹木枝刺为障护。
上直二十六卫亲军初建时原本只有十二卫，分别为金吾前卫，卫戍皇城南面、金吾后卫，卫戍皇城北面、羽林左卫，卫戍皇城东面、羽林右卫，卫戍皇城西面、府军卫，卫戍皇城南面、府军左卫，卫戍皇城东面、府军右卫，卫戍皇城西面、府军前卫，负责皇帝近身侍卫，又称“带刀舍人”、“带刀侍卫”、府军后卫，卫戍皇城北面、虎贲左卫，卫戍皇城东面、锦衣卫，名锦衣亲军都指挥使司，掌侍卫、仪仗、缉捕、诏狱、旗手卫，掌皇帝御驾金鼓、旗纛，并随御驾出入及守卫四门，称为上十二卫，除府军前卫、锦衣卫与旗手卫外，其余诸卫俱都巡警京师各门。
建文四年燕王朱棣靖难成功，本年改称洪武三十五年，擢升北平燕王三护卫为亲军，巡警京师各门：羽林前卫、金吾左卫、金吾右卫。
永乐四年再擢升原北平都指挥使司七卫为亲军，巡警京师各门：燕山左卫、燕山右卫、燕山前卫、大兴左卫、济阳卫、济州卫、通州卫。
宣德八年增设四卫，掌随驾护卫：腾骧左卫、腾骧右卫、武骧左卫、武骧右卫。
以上二十六卫俱称亲军都指挥使司，不属五军都督府管辖。
到了清朝刚入关时，依然沿用明制。在完成了对全国的占领和控制后，将八旗的主力安置在京城，对皇宫和京师保卫系统进行了重建。
将满洲、蒙古、汉军八旗按方位均衡地分布于京城
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