发现，WGD是常见的，与治疗初期EGFR突变肿瘤中观察到的比率(88%vs.89%)相当。然而，在7名(12%)没有WGD的患者中，所有人都是T790M+(嵌入图像测试，P=0.04)，并且有EGFR外显子19的缺失，这表明WGD的缺失预示着T790M+耐药疾病的出现。在T790M+和T790M?肿瘤之间，基因组不稳定指数(Gii；中位数分别为52%和55%)没有差异，也没
有发现TP53共突变与Gii增加相关。T790M?患者的肿瘤突变负荷高于T790M+患者(TMB中位数为2.36vs.1.66个突变/Mb，P=0.02，图1C；补充图1C、S9A)，可能是由于T790M?队列中的吸烟者数量较多
接下来，我们检查了T790M?患者3q23(包含PIK3CB、MRAS和FOXL2等基因)和T790M+患者14q21(包含FOXA1和NKX2-1)与T790M状态揭示扩增相关的反复焦点扩增和缺失事件(补充图S10)。值得注意的是，3QARM扩增在T790M?组(57%)高于T790M+组(13%)，并且是唯一有统计学意义的ARM水平事件(图1E，EmbeddedImage-TESTP≤0.001)。我们证实了染色体3Q基因(包括SOX2)在3Q臂增加的患者中有较高的表达(补充图S11C)。为了了解TKI治疗后这些染色体水平改变可能获得的程度，我们再次与治疗前的队列进行了比较。在治疗-初始队列中，38例中有7例(18%)出现了3Q增加(补充图S3)肿瘤。这一结果明显低于T790M?(P=0.003)，但与T790M+患者相似(P=0.53)，提示3Q扩增可能是T790M?肿瘤特异获得的。有趣的是，染色体3Q含有鳞状细胞系转录因子TP63和SOX2，是肺鳞状细胞癌的主要特征，但以前与肺腺癌无关。
接下来，我们研究了与EGFRTKI耐药相
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