巢封锁，所有被感染的人员都在蜂巢中被红后杀死。同时红后释放出催眠气体导致主角爱丽丝和泄露病毒的人失忆。蜂巢内部人员死后由于“T病毒”爆发而变成了“丧尸”。随后一支前来调查蜂巢特种部队关闭了红后所在的超级电脑（硬体），红后（软体）失去了封锁“蜂巢”的能力，导致悲剧上演，病毒外溢感染了整座城市。不得已，美国政府只能用核弹将整座城市毁灭。然而仍然没有阻止病毒在整个北美大陆蔓延……
稍后在《生化危机5：惩罚》剧情线中，红后控制了安布雷拉（保护伞公司）的残余力量，并且下令杀死其余存在的人类，还派遣生化大军进攻威斯克和剩下的安布雷拉力量在国会附近修建的人类最后的碉堡，利用蜘蛛寄生虫控制了吉尔，派遣军队抓捕爱丽丝并囚禁于安布雷拉在西伯利亚北极圈的海底基地，而威斯克为了将爱丽丝改造成他的终极武器，派特遣小组到试验场解救爱丽丝，上演了一场人类与人工智能的对决。
紧跟着在《生化危机6：终章》剧情线中，当得知所有生化危机的起源是因为保护伞公司艾萨克斯博士（Dr. Isaacs）认为，人类的过度膨胀终将毁灭地球，于是决定建设地下休眠基地保存合适的人选（保护伞公司全体高层和世界各地的精英），然后用“T病毒”对全体人类来一次大清洗，当所有感染者全部死亡，再让幸存人选解冻，从而达到统治地球的目的后，因“程序冲突”红后决定帮助爱丽丝消灭保护伞公司。
这是《生化危机》的原初剧情线。
而在吴尘某个黄金时代的庇护所大冒险中，《变形金刚》剧情世界的五面怪的意志被宇宙大帝吞噬，留下的生化超脑却依然具有强大的能力，被红皇后据为己有，自身实力暴涨，一举晋升为火焰女神。
“所以，白皇后拥有的是浣熊市蜂巢地下基地的生化超脑，而你拥有的是北极海底基地的生化超脑。”吴尘已经想到了。
“是这样，我的主人。”落锤首领私人终端A.I笑着承认。
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