后来，玩家控制的指挥官成功统一全世界，并发展航天事业。结局最后，尤里的大脑狂吼“我会复仇的”，揭开了《红色警戒2：尤里的复仇》的剧情线。
《红色警戒3》的剧情描述经过多年征战之后，盟军终于获得了胜利，瑟缩在克里姆林宫城内的俄军，决定孤注一掷：运用实验性的时间旅行装置。任务目标：回到过去，在爱因斯坦创造出带领盟军迈向胜利的科技之前将他干掉。顺利完成任务后，俄军回到现代，发现盟军实力确实削弱不少。然而，在他们来得及庆祝之前，却发现他们的行动造就了新的威胁以及世界强权——神秘、科技先进的旭日帝国；旭日帝国崇尚科技，设计出来的部队融合科幻、武术和机械人文化的产物。
苏联结局：苏联任务从抵御帝国入侵，夺回被帝国占领的领土，到进攻整个欧洲，除掉“叛徒”库可夫将军，反击帝国并杀死天皇芳郎，最终战胜帝旭日国，并且与总理反目，打败总理，摧毁自由女神像，击败美国为止。最后指挥官（玩家）当上了苏联的总理，领导苏联走上新时代。盟军结局：盟军起初在英国拼死抵抗进攻的苏军，并逐渐夺回欧洲，然后联合苏联对付帝国。其间杀死以极端方式（将一架卫星攻击器瞄准莫斯科）反共的总统阿克曼，在东京摧毁了帝国的军事总部，使帝国不再成为威胁，而后因为叛逃的泽林斯基博士而发现了苏军的阴谋，其后又与苏联重新对立并在列宁格勒决战，终于打败苏联。最后原副总统担任新总统，规划了建立自由平等的新世界的宏伟蓝图。帝国结局：旭日帝国起初突袭苏联，利用将军刽子手摧毁敖德萨，再到抵御盟军（后来对抗苏联），最后反击苏联，利用将军刽子手摧毁克里姆林宫和时间机器，击败叛逃盟军的泽林斯基博士，摧毁未来科技总部。最终指挥官被授予“超级将军”荣誉。其中天皇之子达朗所主持建造的超级机器人“将军刽子手”科幻色彩十足，威力非常强大。
《红色警戒3：起义时刻》：注定失败的苏联的领导人孤注一掷，试图返回过去改变历史，期
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