在朱慎锥的预料之中了，朱慎锥一开始坚决不同意，认为既然作为谋逆大案的同犯，不管是否直接参与或者不知真相，既然做了就要承担做的后果。
别说这些人了，就连参与闹事的太学生和学子，朱慎锥也打算狠狠杀一批，毕竟以大明律来定案，要杀这些人在法理上是没问题的，当年朱元璋几次大案中杀了那么多人，难不成这些被砍了脑袋的人都是罪人？实际上大部分只是受到了牵连罢了，可杀就杀了，又能如何？
不光是朱慎锥有这样强硬的态度，就连朝廷中不少官员也表示必须杀一儆百，这些人中有朱慎锥的班底，也有后期投靠朱慎锥的臣子，另外还有一些意图借这个案子在皇帝面前表忠心，意图借这个机会飞黄腾达的投机分子，这些人态度坚决，鼓动皇帝严厉处置所有犯人，并说只有这样才能杜绝后患，震慑天下。
在这个时候，谁都没想到太子朱敏澜却站到了皇帝的对立面，表示只诛首恶的态度。认为一旦全部杀了实在太过，上天有好生之德，虽这些人牵连此案，可并非首恶，大部分人仅仅只是牵连和蒙蔽，所谓知错能改善莫大焉，为君者当以仁治天下，恳求皇帝不要株连过多，以示君恩。
为此听说太子和皇帝争吵不休，皇帝恼怒之下甚至要揍太子一顿，痛骂他这是妇人之仁，为君者怎能如此心软？当断不断反受其乱，他们既然做了这样的事，就要承担这样的后果。
可太子却寸步不让，同皇帝据理力争，甚至为了逼迫皇帝让步，太子还在宫中绝食抗争。在这种情况下，皇帝勃然大怒，据说还起了要废太子的打算，多亏皇后得知后赶来相劝，再加上闻讯而来的几位重臣苦苦相劝，最终才让皇帝没下狠手废太子。
就这样，皇帝和太子针锋相对好几日，太子始终不肯让步，再加上皇后劝阻的缘故，皇帝最后也没了办法。无奈之下，皇帝只能招来内阁阁老和三法司官员商议，最终略微让了些步，在除去首恶必诛外，其家人勉强留了性命，男的流放，女的入教坊司。而其他牵连之人按
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