为明军的出现变得更乱了，这使得明军攻占巴达维亚的军事行动异常顺利。随着城门的打开，明军主力开始入城，对城中的军事力量进行扫荡和剿灭，此时此刻，无论是赖尼斯总督还是雅各布董事，又或者卡佩伦将军，只能带着人各自为战，想办法阻拦明军，同时朝着东南方向开始撤退。
这一仗从临近中午开始，一直打到太阳落山，随着明军的攻势如潮，巴达维亚的抵抗最终被逐步压制，等到天黑的时候，巴达维亚基本被明军所占领，驻守部队大部分投降，至于还在顽抗的守军包括董事会和总督府还有卡佩伦将军的卫队他们的后路也被明军所堵死，无处可逃的对方彻底覆灭已只是时间问题了。
很快传来消息，卡佩伦将军和雅各布董事先后投降，前者因为中立的缘故根本就没做好战斗准备，当明军攻进巴达维亚的时候，卡佩伦将军已经来不及接管军权了，他所率领的卫队只能勉强抵抗而已。
至于雅各布董事，自从突围后身边的人已是伤亡惨重，三个董事现在就剩下了他一人，至于詹姆斯董事和奥托董的情况更是无法知晓，是死是活都是问题。
在这种情况下，他见大势已去，再加上无法逃脱只能放弃抵抗投降，而且作为董事会成员，他原本就主持了和大明的和谈，可因为出了这样的事情况变成这样，为了活命他只能做出这样选择。
反而赖尼斯总督的抵抗是最激烈和最顽强的，因为赖尼斯总督和科恩上校心里都很清楚，作为挑起战争的罪魁祸首，他们原本就是大明要清算的对象。而且为了自保，他们又果断发动了兵变，意图先手干掉巴达维亚的三位董事，从这点来说不仅是得罪了大明，更把公司董事会也得罪了。
现在明军打了进来，巴达维亚彻底丢失已成了事实。赖尼斯总督此时可以说是穷途末路，他已没了其他选择，只能率部顽强抵抗，想办法杀出一条血路逃离。
可惜，郑鸿逵早就预料到了这点，说实话这才内战真正的起因虽是大明和东印度公司董事会和谈所至，
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