首先便是来自道教和部分笃信道教、或恪守“道先佛后”祖制的朝臣的抵触与不安。太史局官员因“妄言天象”被严惩一事，余悸未消，道门声势大挫。但暗地里的不满并未消失。一些有影响的道教领袖，如嵩山道士潘师正、泰山道士王知远等，虽未公开反对，但明显减少了与朝廷的主动往来，专注于山中清修，对朝廷的征召也常以“方外之人，不问世事”为由推脱。朝中一些出身世家、信奉道教或思想保守的大臣，如侍中许圉师、中书侍郎上官仪（此时尚未被贬）等，对朝廷如此明显、大规模地崇佛抑道深感忧虑。他们或在私下聚会时叹息“浮屠害政”，或在上奏时委婉提及“国朝以老子为祖，道教为本，不宜过崇释教，恐失根本”。但这些言论，在武则天如日中天的权威和崇佛的浩大声势面前，显得微弱而无力。
其次，是来自务实派官员，特别是李瑾一系的隐忧。李瑾本人对佛教并无恶感，甚至认为其劝人向善的教义有助于教化百姓，稳定社会。但他担忧的是，如此大规模、高调地崇佛，尤其是兴建空前规模的大寺，耗费巨资，必然加重百姓负担，影响国计民生。他曾就“大周东寺”的工程预算和摊派问题，向武则天进言，认为“祈福之心虽诚，然民力有穷，当量力而行，可稍减规制，或分年营造，以纾民力”。
武则天当时正沉浸于利用佛教构建神圣权威的兴奋中，对李瑾的建议，表面赞其“体恤民情，老成谋国”，但并未真正采纳，只是将“天下各州随力助缘”的措辞，改为“劝募随喜，不得强征”，实际执行中，地方官为表政绩，讨好上方，摊派强征之事，依然屡见不鲜。李瑾无奈，只能在政事堂尽力协调，在工程物料调配、工匠征集等方面，尽量减少对正常农业生产和边镇供应的干扰。
更让李瑾忧虑的，是佛教势力借此机会急剧膨胀可能带来的政治和社会问题。大量田产、财富以“供养”、“捐施”的名义流入寺院，导致寺院经济过度扩张，与国争利，甚至可能出现“十分天下之财，佛有七八”的局面（
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