阻力，来自固守传统观念、以文学经术为晋身正途的守旧派士大夫。
一些清流言官，如右补阙朱敬则，就曾上疏，委婉地批评这种“重术轻道”、“舍本逐末”的倾向，认为“朝廷取士，当以德行为本，经术为先。今有司或重簿书期会，或奖巧技工算，恐长浮薄竞进之风，有损敦本崇儒之化”。对此，李瑾的回应是，在朝堂上公开表示：“朱补阙所言，持正之论也。德行经术，固为根本。然则，牧民理政，非空谈可成。通晓钱谷，方能裕国；明习律令，方可断狱；知晓边情，方能御侮。此非‘末技’，实为‘经术’之用也。二者本为一体，不可偏废。朝廷取士，自当德才兼备，经世致用。”
他巧妙地将“实学”纳入“经术之用”的范畴，既肯定了传统价值观，又为自己倡导的务实之学争取了空间。武则天对此不置可否，未加干预，实际上等于默认了李瑾的解释。
另一阻力，则来自佛、道势力。佛教方面，虽然目前得势，但一些高僧对李瑾倡导的、明显更重现实功利、与佛教出世思想有别的“实学”风气，内心并不以为然，只是碍于李瑾位高权重，且未直接攻击佛教，不便多言。而道教方面，在官方支持减弱的情况下，一些有识之士，反而从李瑾“百家鸣”的主张中看到了一丝机会。既然“独尊儒术”（实际是“崇佛”）的局面被打破，那么道家、墨家、法家乃至兵家、农家等思想，是否也能在“实学”的旗帜下获得一席之地？一些不得志的道士，或对丹鼎符箓兴趣不大，反而对天文、历算、医药、地理有研究的道家学者，开始尝试与李瑾倡导的“实学”圈子接触。
麟德四年夏，在国子监一次关于“水利与农政”的辩论中，就出现了有趣的一幕。一位来自嵩山、精通地理堪舆的道士，与一位工部的水部员外郎，就某地水渠改建方案争论不休。道士引述《山海经》及道家风水理论，论述地形水脉；员外郎则依据实际勘测数据和前代治水经验，提出工程方案。双方各执己见，引来众多学子围观。最后，是李瑾出面调和，
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