在恐惧的寒潮之后，是制度建设的暖流（或者说，是套上笼头的缰绳）。礼部祠部司下的“三教协调分署”职权迅速扩大，人员增加。在李瑾的主持下，一系列细化法规相继出台，构成了对宗教势力进行全面、系统管理的“天典”（仿唐律格式，此处可虚称为《三教协调令式》或《寺观管理新格》）。
首先，是严格的“额度”与“户籍”管理。天下各州县寺观的数量、规模、僧道员额，由朝廷根据州县人口、赋税、传统等因素，重新核定上限，称为“额设”。无额寺观，限期合并或拆毁。所有僧尼、道士、女冠，必须持有由礼部统一印制、地方官府加盖印信的“度牒”（出家凭证）和“戒牒”（受戒凭证），并登记于专门的“僧道籍”，相当于另类的“户籍”，严格管理其流动。私自剃度、无牒游方，皆以“私度”论罪，本人及收留寺观一体惩处。
其次，是系统的“考核”与“升迁”制度。借鉴官员考课法，对僧官、道官（寺观三纲、威仪等）设立“德、才、功、过”四格考绩法。“德”即是否“忠君爱国，恪守清规，品行端方”；“才”即是否“通晓经义，善于讲说，导人向善”；“功”即所在寺观在“劝课农桑、赈济灾荒、施医施药、修桥补路、协助教化”等方面有无实际贡献；“过”则记录其各种过失，尤其是“谤讪朝廷、诋毁正法、结交匪类、行为不检”等。考核由地方州县官主持，会同当地“三教协调分署”派驻官员及士绅代表共同进行，结果上报礼部存档，作为其升迁、赏罚乃至保留度牒的依据。这彻底改变了以往主要靠声望、辈分、宗派传承决定僧道领袖的旧例，将人事权牢牢抓在了朝廷手中。
第三，是全面的“经济”与“活动”监管。寺观田产，严格实行“限额”与“清丈”，超出部分，或没收，或强制“捐献”给官府用于公益。禁止寺观从事高利贷、大规模商业经营。寺观接受捐赠、举办法会等大型活动，必须向官府报备，所得钱物需登记入册，接受核查。更重要的是，所有寺观的日常讲经、
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