此时由天灾引发的后遗症正困扰着蒙元国，首先是由河患引发的严重的财政危机，漕运、盐税锐减，中央政府财政收入下跌，国库渐虚；其次是河患导致社会动荡不安，方国珍兄弟啸聚海上，对蒙元国赖以生存的海道漕运构成威胁，蒙元国无法镇压，只得加以招抚；同时，吏治不仅没有根本性的扭转，反而在灾荒时期变本加厉，史载“及元之将乱，上下诸司，其滥愈甚”。
总之，蒙元国老百姓生活在水深火热之中，大乱一触即发。
脱脱第二次拜相后，试图力挽狂澜，但他采取变钞和起用贾鲁治河两大政策，却为元朝掘好了坟墓。
时人讥讽说：“丞相造假钞，舍人做强盗。贾鲁要开河，搅得天下闹”。
蒙元国在许多地方的统治机构瘫痪，陷入土崩瓦解的绝境，妥懽帖睦尔也不再有至正之初的那种勤政朝气，开始宠幸佞臣康里人哈麻，但仍然过问政事。
此时蒙元国开始商议立高丽贡女奇皇后所生的爱猷识理达腊为皇太子，脱脱对此有微词，哈麻趁机挑拨离间，为蒙元国宫廷的内乱埋下伏笔。
至正四年，八月，朱奠熚所到之处，军纪严明，秋毫无犯，深受百姓的拥护和爱戴，在征战过程中，朱奠熚展现出了卓越的军事才能和领导智慧。
一路势如破竹，接连攻克了蒙元国的多个重要城池，朱奠熚成功复辟了明朝，随着战事的推进，朱奠熚的军队逐渐逼近蒙元国的核心区域。
至正四年，八月二十七日，最终，朱奠熚带领着军队一路打到了大都城下，面对大势已去的局面，妥懽帖睦尔不得不放弃都城，仓皇北逃。
朱奠熚顺利地进入了大都，曾经混乱不堪、百姓苦不堪言的蒙元国领地，在朱奠熚的治理下，逐渐恢复生机。
永昌元年，大明第二十二位皇帝朱奠熚立即颁布《永昌新政》，推行三大改革：
经济革新：废除前朝"三饷加派"，将田~赋统一为"一亩税银三分"，并设立"市~舶~司"专管海外贸
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