谢玄他深知，对这一切负有不可推卸的责任。于是，他毅然决然地上疏朝廷，言辞恳切，自责不已，请求解除自己全部职务，将象征权柄的符节奉还。
朝廷接到谢玄的奏疏后，深知此时正值多事之秋，稳定军心、安抚民心才是当务之急。
于是，司马曜下诏慰劳谢玄，言辞中既有责备也有鼓励，更透露出对这位老将的深深倚重。
诏书中，司马曜命令谢玄暂且回镇淮阴，以稳定江南局势；同时，任命朱序为新的彭城守将，接替谢玄的北伐重任。
谢玄回到淮阴后，患上疾病，又上疏请求解除职务，诏令不许。
谢玄又自陈述，说既然不能履行职责，恐怕会荒废军务。朝廷又下诏让他移镇东阳城。
谢玄便奉命上路，以病重恳求解职。朝廷为谢玄派了一名医术高明的医士，并让他好自调养休息，又让他回京口治病。
谢玄奉诏回京口，病却长期不见好转，于是又上疏道：“臣兄弟七人，都先后凋谢殒灭，惟有臣一人，孑然独存。经历的艰难困苦，谁可与臣相比！臣之所以含悲忍痛，希求继续苟活人世，是因为满怀无穷忠心，欲上报朝廷恩德，或许能恢复康健，便可以完成此志。况且臣家中遗孤甚多，想起他们，心中就不胜悲伤，为此求生之心，不能即刻付与尘土。臣一片勤恳之情，实可哀怜。恳求陛下怜悯臣的忠诉，霈然降恩，不使臣含恨九泉。”
谢玄所上的十余道奏疏都被扣住，未予答复。许久后，朝廷才调谢玄为散骑常侍、左将军、会稽内史。谢玄抱病登车去会稽郡任职，不久谢玄在会稽郡去世，终年四十六岁。
朝廷追赠车骑将军、开府仪同三司，谥号“献武”。
在东晋谢玄去世不久，前秦第四位皇帝苻丕，奋力抵抗，导致慕容垂久久无法平定冀州，原本归附后燕的河北豪强和前燕旧臣都对慕容垂产生了背离之心。
苻丕设置百官，任张蚝为侍中、司空，封上党公；任王永为使持节、侍中、都督中外
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