马元显，竟与其手下北府军向桓玄投降。
桓玄逼近建康，司马元显试图守城但溃败。
桓玄入京后，称诏解严，并以自己总掌国事，受命侍中、都督中外诸军事、丞相、录尚书事、扬州牧，领徐州刺史，加假黄钺、羽葆鼓吹、班剑二十人。
桓玄历数会稽王司马道子及其子司马元显的罪恶，流放司马道子到安成郡，数月后桓玄更派人杀死司马道子；又杀司马元显、庾楷、司马尚之和司马道子的太傅府中属吏。
桓玄图除去刘牢之，先命他为会稽太守，令其远离京口。
刘牢之意图反叛但得不到北府军将领支持，于是北逃广陵投靠广陵相高雅之，于途中自杀。
司马休之、高雅之和刘牢之子刘敬宣于是北逃南燕。
桓玄在同年三月攻入建康时就废除了元兴年号，恢复隆安年号，不久又改元大亨。
及后桓玄自让丞相及荆江徐三州刺史，以桓伟出任荆州刺史、桓修为徐、兖二州刺史、桓石生为江州刺史、卞范之为丹阳尹、桓谦为尚书左仆射，分派桓氏宗族和亲信出任内外职位。
自置为太尉、平西将军、都督中外诸军事、扬州牧、领豫州刺史。另外又加衮冕之服，绿綟绶，增班剑至六十人，剑履上殿，入朝不趋，赞奏不名的礼遇。
同年四月，春风未至，寒意犹存，桓玄身披重铠，骑着一匹雄壮的黑马，缓缓出镇姑孰。他的身影在晨曦中拉长，宛如一座不可逾越的山岳，压得周围的人喘不过气来。
临行前，他辞去了录尚书事一职，表面上是退让，实则朝中大事依旧绕不开他那双锐利如鹰的眼睛。
姑孰城头，旌旗猎猎，桓玄的到来引起了一阵不小的骚动。士兵们列队欢迎，铠甲在阳光下闪耀着冷冽的光芒，仿佛预示着即将到来的风暴。
桓玄立于城头，目光如炬，扫视着这片他即将掌控的土地，嘴角勾起一抹深不可测的微笑。
尽管桓玄辞去了部分职务，但朝中大事
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