乃是受胡惟庸案的牵连所致，但对实录所载的具体死亡时间没有提出异议。钱谦益据《御制文集》纠正了这个疏误，指出朱亮祖死亡的时间应当在洪武二十三年（1390）。
对于宜春侯黄彬的结局，《明太祖实录》只说：（洪武）十二年（1379），宜春侯黄彬往临清练兵。并未直接说明他的死因。黄金在《开国功臣录》中记载：黄彬（洪武）十二年练兵临清，召还后数年卒。郑晓认为，黄彬于洪武十二年（1379）受到胡惟庸案的牵连，后来又得到朝廷的宽恕，数年之后卒。王世贞则指出黄彬死于洪武十七年（1384）。钱谦益根据实录隐微书法推断：“实录不书卒之例，知其非令终也”。黄彬确实受胡惟庸案的牵连，但并非如郑晓所言又得到朝廷宽恕。黄彬之所以没有立刻伏法，是因为他的党事在洪武二十三年才被揭发。
其三，《太祖实录辩证》另一个突出的特色是参考了不少包括朱元璋诏书在内的秘府档案。其中，《昭示奸党录》与《庚午诏书》分别被征引了12次、9次之多。这些珍贵的档案是他利用参修《明神宗实录》的机会见到的。钱谦益据此纠正了《明太祖实录》以及其它私史很多讹误不实之处。
比如，关于东胜侯汪兴祖被授予封号的相关史实，史书记载不一。《明太祖实录》载洪武四年（1371），追封汪兴祖为东胜侯。而黄金《开国功臣录》则认为东胜侯是在洪武三年（1370）加封的。孰是孰非，难以确定。好在《昭示奸党录》第二录中载有汪兴祖因杀死俘虏之过而被贬海南一事。钱谦益据此推知，汪兴祖东胜侯的封号确是封于洪武三年（1370），只不过由于他私自杀害俘虏而获罪。朱元璋之授予他封号，而不授予其“封侯铁券”，直到洪武四年（1371），汪兴祖战死，才彻底恢复了他的封号。
三、钱谦益史学考证的方法与特色
辨别是非，还原真相，是修史最基础、最艰难的一项工作。《太祖实录辨证》这本薄薄的小册子，凝结着钱谦益几十年的心血。细归纳其考证原则与特色如下：
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