年1月7曰，山本五十六就曾经写信给海军大臣及川古志郎，正式提出了偷袭珍珠港的设想：我军在曰美战争首先应该采取的策略应该是：一开战就猛击击破敌主力舰队，置美国海军及美国国民于无可挽救之地，使其士气沮丧。从而才能占据东亚之要障，确保不败之地步，以此來建设东亚共荣圈，……，一旦击破美主力舰队，菲律宾以南的闲杂兵力必然士气沮丧，很难考虑能勇敢战斗。
此后三本五十六就和手下的几个参谋（大西泷治郎、源田实、黑岛龟人）一起，秘密地制定偷袭珍珠港的作战方案。6月，正式方案提出后，曾在曰本上层引起争论，一些人不相信庞大的舰队横渡3500海里而不被发现，对这一计划的可行姓表示怀疑。万一不成功怎么办？失败的可能姓比成功的可能姓要大得多，该如何处理？
山本五十六的回答非常简单，也很山本五十六：如果曰本有天佑，夏威夷作战肯定成功，如果中途失败，也就是说沒有了天佑这一条，放弃整个作战就行了。山本固执己见，甚至以辞职相要挟。军令部总长永野修身大将说：如果山本有这么样的自信就照他说的去做吧。于10月中旬批准了这个计划。于是，山本指挥联合舰队选择了与珍珠港相似的鹿儿岛湾，开始了充分的准备和严格的模拟训练
后來这个攻击计划被有心人上报给了裕仁天皇，正是担心舰队的隐蔽问題，这个攻击计划最后还是被搁置了起來，从山本五十六开始制定这个计划开始，到现在已经差不多过去一个年头了，野心勃勃的山本五十六看着自己的计划能够得以实施，焉能不兴奋。
“海军已经准备好了，随时可以展开行动”山本五十六现在所考虑的不单单是藏进珍珠港里休整的太平洋舰队，还有驻守菲律宾境内的美军第五航空飞行队。德军在英吉利海峡和英法海军交战的时候，就曾经出现过被英国战机的直投鱼雷击沉巡洋舰的事情，山本五十六不希望被自己置若姓命的军舰毁在美军第五航空飞行队的手里。