饶的熊本县在九州岛当中成为唯一的大国。在世纪编纂的短歌集“万叶集”中，有歌颂熊本风土人情的诗篇。
世纪末至世纪末，进入平安时代之后，肥后国（熊本县）被划分为个郡及下属个乡。在庄园最盛行的时期，肥后建起了“阿苏”、“鹿子木、”、“山鹿”等个大庄园，武士团便由此而生并日趋活跃。
公元世纪末，到了镰仓时代，日本中央政府任命武士们担任地方首长及庄园主，由此，“阿苏氏族”、“菊池氏族”及“代氏族”在各地壮大了其权势。
与此同时，镰仓诸侯的亲信“相良氏族”又统治了球磨地区，并将佛教文化在球磨地区进行了普及。
到了南北朝时期，九州受中央权利斗争的影响分成了对立的两大派系。由于菊池氏族的势力逐渐强大，使得阿苏、名和、相良等氏族也不得不努力壮大队伍。
但到了室町末期，在菊池氏族的势力衰退后，丰后（大分县）的“大友”、肥前（佐贺县）的“龙造寺”及萨摩（鹿儿岛）的“岛津”三大氏族蜂拥而起，致使肥后国成了三大氏族争夺的中心。这个烽火争夺被岛津势力所压倒。之后，岛津氏族的势力在丰臣秀吉平定九州后，顺归于丰臣秀吉。
年，丰臣秀吉平定了九州政局之后，任命佐佐成政为肥后国国王。
后由于国民的反抗，佐佐丧失了权位。接着，加藤清正在县北、西行长在县南、相良在球磨稳固了自己的势力范围。
年的关原之战中，西行长战败灭亡，加藤清正承其后统一了肥后并兴建了熊本城。
清正在其领土内，亲自着手于土木、治水工程的建设，诸多业绩一直流传。
年，细川氏族继加藤氏族开始统治肥后，就以熊本城为中心建立了“万石”（“石”是那时的重量单位，“石”的数字越大，就明此地越富饶。石等于公斤）政权、并致力于推广茶道“肥后古流”、能艺“喜多流，金春流”、发展熊本独自特色的“肥后六花”园艺、相扑“吉田司家”、“肥后镶嵌”等的文化。细川氏族第代细川忠利执政时，他便将剑客
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