程，清朝官方予以否认。对照英国的航海法律。任何一艘英国船驶入港口都必须卸下国旗。若当时升起国旗则表示水手准备私自潜逃（搜查那时船长不在船上）。此说法的真实性已经起疑。
英国驻广州代理领事巴夏礼向两广总督叶名琛抗议，要求放还水手及道歉，并要求移办千总。事件后2天（10月10日）叶名琛答应放出9人，巴夏礼拒收。10月16日英公使包令照会叶名琛：
如不速为弥补。自饬本国水师。将和约缺陷补足。
意即英国动武之意已十分明显。也别有所求。10月21日巴夏礼遣人告诉叶名琛：“越日日不如约，即攻城。”并要求24小时内答复。叶名琛虽允诺放还全部12位水手，但以未扯下英国国旗拒绝道歉。
包令于是勒令香港驻华英军驶入珠江口。进逼广州城前胁迫同意英人自由入城，至27日未见答复便每隔五分钟炮轰一次总督衙门，叶不动声色地在城内宣告：“杀一英人，赏银三十元”。很快地英军攻入城内，但未抓获广州总督，不久退出，叶佯称大胜。12月15日，广州一带国居民见英军退去，纵火焚烧“洋人”居室，使广东十三行化为乌有。
清咸丰三年、法国天主教神甫马赖潜入广西西林县，披着宗教外衣，进行侵略活动。他吸收地痞流氓入教，勾结当地官府和土豪，欺压人民，强奸妇女，无恶不作。并纵容包庇教徒马子农、林八等无故在乡间起衅，进行抢掳奸淫，肇事多起。他们作恶多端，而又逍遥法外长达3年之久，激起当地人民极大愤慨，上控省大吏。年一月二十四日(2月29日)，新任西林知县张鸣凤根据村民控呈，调查据实后，将马赖及不法教徒共26人逮捕归案，依法判处马赖及不法教徒2人死刑，其余分别论罪处罚。
西林教案发生在太平天国期间，而太平天国也正是从广西开始起义的。太平天国崇拜“拜上帝教”，该教源自基督教。清朝官方对基督教十分警惕，严格防范。马赖进入广西内地聚众传教，被地方官员误以为组织造反，因此遭到逮捕，导致惨案发生
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