代，由於中苏交恶，中国大陆安全无保障并面临威胁，开始积极发展研究核武器，陈毅在1963年提出了核裤论：当了裤子也要造核子！。
查於1964年在《明报》发表《要裤子不要核子》社评，反对在贫穷情况下造原子弹。左翼报纸《大公报》、《文汇报》、《新晚报》等以****、亲英崇美、背叛民族立场回应。
直到最后陈毅出面制止了左派的攻击。虽然明报系列并非激进刊物，但文化之大革命爆发时，查良镛和《明报》公开对其持反对态度。
在《明报月刊》40周年的撰文上，金庸也直言刊物是和文革对着干，具体展现在纪录彭德怀功绩、出版吴晗的《谢瑶环》剧本，极力扞卫中国传统文化和批判错误抨击。
查遂被被香港左派分子骂为汉奸、走狗、豺狼镛；更曾受死亡恐吓，一度离开香港暂避。回港后一路受香港政府特别保护直至20世纪70年代末。
1973年春，查良镛曾前往台湾，并与蒋经国见面会谈。文革结束后，金庸在1981年与1984年来到中国大陆访问，并先后在北京与邓小平和胡耀邦会谈。
随后1985年香港特别行政区基本法起草委员会宣告成立，金庸作为委员之一，任基本法政治体制起草小组的港方负责人兼经济体制起草小组成员。
因香港政制方案乃基本法中最为核心且争议最大，直至1988年方案尚未成型。1988年，金庸与查济民提出了备受争议的政制协调方案（又称双查方案、主流方案）。
这个方案相对当时各界所提出的众多方案中比较保守，因而被认为有碍民主进程而得不到港人支持，查回港后有各种针对他的示威抗议发生。
实际上查之本意为给民主派李柱铭、司徒华两人留出余地，但当天两人沉默以示抗议，使得最为保守的这一方案得以通过，大出查氏所料。
然中央政府当时认为正是底限所在，故其后作修改并被纳入基本法使用至今。1989年北京发生了89民运。5月20日，首都戒严令发布当天，查良镛辞去基
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