如果重新分封诸王，只会重演春秋战国时，各国互相攻伐的苦况，因此决定把天下分為三十六郡，直至秦亡為止，共置五十四郡，每郡都设置郡守（掌民政）、郡尉（掌军政）、郡监（掌监察），由中央朝廷委任，不得世袭，并须向朝廷匯报租税、户口及治安情况。
秦始皇决定在地方治理上採用三级行政区划制度，构建中央—郡—县—乡—亭—里—什—伍—户的纵向金字塔式的控制体系，以加强对地方的控制，主要在郡设郡守，郡下设县，县设县令，但秦代的国家行政机构只下设到县级。
县之下实行乡亭制（亦称乡里制度），设乡，具体办法是在乡级设三老掌教化，嗇夫听讼和徵税，游徼侦缉盗贼。
此外，乡级以下则利用民间力量来治理，一乡辖十亭，设亭长；一亭辖十里，设里魁（亦称里正）；一里辖百家，五家為伍，十家為什。这种制度為秦朝带来了巨大的动员能力，即使三百多年前的波斯居鲁士大帝创建帝国之时，阿契美尼德王朝唯有省（萨特拉庇）和县作為行政区划机构..。
除此之外，歷来盘踞在淮河流域的淮夷、泗夷早已变為民户，而秦始皇统一天下后，在今福建省一带地方设置闽中郡。
由於秦始皇认為闽中郡远离中原，是荒服之国，地处偏远。山高路险，而且越人强悍，难以统治，故实际上并未派遣官吏往闽中，只是废去当地酋长无诸及騶摇的王位，改用君长的名号让其继续统治该地。
郡县制在全国推行后，标誌著六国故地不会再有拥兵割据，自选官吏，财政**的诸侯。此外，百姓的籍贯不再用以前所属的诸侯国。例如楚国人、齐国人等作為识别。而是用其所处的郡名以咨识别。
不过自秦灭汉兴后，汉高祖刘邦认為秦王室推行郡县制后，因缺乏宗室屏藩，过於孤立而亡。於是推行郡国制。大封刘氏宗室子弟為王。但却导致日后的吴楚七国之乱。因此歷代统治者都试图在郡县制至分封制之间，取得一定的平衡，以维持国祚。
為了防止六国遗民作乱。秦始皇下令收集天下的兵器，
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