带着五千辫子兵，一路紧赶慢赶地狂奔到南京城外的时候，作为内应的周延儒，也已经被倒戈的勋贵们逐出皇城，正率领少数亲信逃到了太平门。而崇祯皇帝的御驾都已经过了大胜关！
面对这等危局，不肯服输的皇太极，只好亲自率领四千辫子兵，从周延儒还能控制的太平门进入南京市区，准备打垮发动兵变的南京勋贵，夺取皇城和南京城防，把崇祯帝的大军拒之门外。同时又命令阿巴泰率领一千清军骑兵担任别动队，从郊外绕到南京城西，尽一切可能阻滞崇祯帝的兵马进城。
最终，皇太极的上述战术目标，只有百分之二十五得到了实现：虽然在一番激烈的厮杀之后，他成功地击退了勋贵们的家丁，打进了南京皇城，控制了很大一片市区，但因为时间紧张的缘故，还是仅仅控制了不到一半的城门。另一边，因为长途跋涉而早已疲惫不堪的清军别动队，也没能拦住崇祯皇帝的六万大军，反而因为陷入不利地形的缘故，被打得损失惨重，连首领阿巴泰都在混战之中受了重伤。
接下来，崇祯帝的兵马大举跨过秦淮河，通过南京西面的清凉门、聚宝门，源源不断地进入市区，与南京勋贵掌握的残兵汇合。到了这一刻，原本由东林党一手操持的那个南京小朝廷，事实上已经是土崩瓦解，不复存在。在南京战场的主角，从此只剩下了两个：崇祯帝的明军和皇太极的清军。
——自从去年那场围绕着北京城的激烈争夺战之后，这两位仿佛命中注定的老对头，此时又为了争夺跟上一个战场相距千里的南京城，而再一次投入了彼此全部的底牌，展开了最疯狂的较量！