直以草原为重，政治中心一直在上都，大都不过是政府所在地。在草原依然实行牲畜抽分法，建立驿站，任命嫩突兀赤担当草原生产官员。每年大量将各地所得输送到草原，对留在草原的蒙古人实行补贴，遇灾则实行赈济。
整个帝国都是为了向草原输血而存在，中央设立大量机构专门处理草原事物。虽然忽必烈采用汉法，但投下制度、斡脱制度等蒙古旧制和达鲁花赤等蒙古旧官都大量保留，虽然在维系原有的大蒙古帝国起到积极作用，加强了对原帝国各处的统治力度，却对元朝统治地带起到消极作用。
在整个国家多为蒙古人担任官职，并在司法及商业等诸多方面享有特权。然而本身的旧制使得征服所带来的巨大利益只能惠及到特权阶级，作为普通人其实是十分悲惨的，有些人甚至过的不如被统治民族。普通蒙古人获得财物只能通过战争的抢掠，而抢掠的很大一部分要上交给自己的部族酋长，但随着大规模战争的结束，抢掠的机会就少了很多，在长期入不敷出的情况下，就导致了大量普通蒙古人的破产。
由于大量蒙古人破产，沦落到出卖妻儿子女、田地的地步，最后不得不由朝廷出面来赎回普通破产蒙古人的妻儿子女、田地。而朝廷混乱的财政状况就算皇帝批准了，现实的财务状况也不可能落实。最后就导致了大量蒙古人被贩卖到江南、波斯、高丽、日本、爪哇等地区为奴，以致大量的蒙古人也参与到反叛行列中。
忽必烈继位后重用汉臣学习汉法，但虎头蛇尾，造成了国制上的致命伤。依然习惯于自己挑选官员而非通过科举海选考核，并造成了以色目人与汉族商人地主及蒙古人结成理财集团，他们中出了不少擅于抓钱的能力，掌控着国家的财政；汉人儒生和一些金国世袭贵族及很多汉族豪杰的汉法派，他们致力于让元朝儒化，至少也要汉化。
由于观点的不同，两派党争不断，且日渐激烈，终导致理财派的宰相阿合马被杀。这样的党争，最后把朝廷演化为一个混乱的组织，官员之间内斗不止，并导致丛生。而忽必烈虽有过对贪污的惩治，但到后
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