般供祀孔孟等先圣先师之外，特别重视供祀周、程、张等北宋的理学大师，表明南宋书院大都与理学有关，是讲理学的书院。不少书院都各有自己特有的供祀对象，多把本学派的创始人，或与该书院有密切关系的代表人物加以供奉，用以提高书院的社会地位，标明或保持该书院的学派特点和学术特色。
另外，各学派在学术传播与师生传承的过程中，过分强调道统和门户，总认为自家学说才是一本正经，而别人都是异端邪说。以这种道统观，再去处理与其他学派士大夫的关系，就会出现自视甚高、责人太苛的结果。不在自家门户或道统之内的人，往往认为他们不是君子。
而这种治学态度之下，盛行于后的理学在还没有正式确立为官学以前，就容易激化为类似庆元党禁那样的党争；在理学认定为官学以后，很容易滋生出一批应景的假道学。这是从理学本身来考量。也为后来朝堂上的争斗和学乱埋下了隐患。
在南宋政治环境恶化之际，知识分子还能否“独善其身”？不可否认，在秦桧、韩侂胄、史弥远与贾似道专政时代，那时知识分子中也有鲜廉寡耻之徒，钻营进入统治集团的权力体制，迎合当局专制独裁的政治意识。但那些有自己独立价值追求的知识分子，大部分宁愿闲居不仕，不再入朝为官。
知识分子独善其身，无非要有三个空间：生活空间、学术空间、政治空间。南宋即便类似庆元党禁那样的黑暗时期，这三个条件也仍然具备。
生活空间上，宋代有这个条件，哪怕不去担任实职性差遣，还可以领取一份薪水，这是宋代优待士大夫的政策。例如陆游，即便闲居在山阴老家，只要没将他从官簿上除名，其俸入还可以保证最基本的生活水准。所以在籍士大夫官僚即便不在朝任职，也能保持起码的生活空间。
另外国家权力没有取缔书院，知识分子仍留有一定的学术空间。国家权力尽管可以流放知识分子中的反对派，但限于‘不杀士大夫与上书言事人’的祖宗家法，却无法在肉体上消灭他
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