自己所著《医林改错》一书之中——王清任绘制的脏腑图，脾由竖置改为横卧；膈膜被正确画出；肺上也不再有“孔窍”；胰腺则是第一次出现……虽然与当代解剖学的观察尚有不小差距，但已比过去所有中文医学典籍的描绘与记载都要准确。
其批评《难经》，说它对心肝肺的描述具体到了“每件重几许”，对大小肠的描述具体到了“每件长若干”，对胃的描述具体到了能够装下谷米“几斗几升”，给人一种很真切、很值得相信的感觉，实际上却并不准确，作者没亲眼考察过脏腑，只是“以无凭之谈，做欺人之事，利不过虚名，损人却属实祸”，利己有限损人甚重，实在是不可取。
他还批评《金匮》对疾病的描述，并非真的了解病源，而是在玩弄似是而非的文字游戏。《金匮》里说受风会令人鼻塞喷嚏，又说受风会令人半身不遂，王清任质问道：“今请问何等风、何等中法，则令人鼻塞喷嚏、咳嗽声重、鼻流鼻涕？何等风、何等中法，则令人半身不遂？”——既然如此，请说一说究竟是什么样的风，什么样的中风方式，可以让人鼻塞打喷嚏；又是什么样的风，什么样的中风方式，可以使人变得半身不遂？
这种较真式的质问，是推动包括医学在内的科学研究往前进步的必要，却也引起了同行们的厌恶与反感。在他们眼中，王清任走得实在太远了。他不但质疑、批评《黄帝内经》与《金匮》这样的煌煌经典，还否认了“三焦”的存在，否认了传统说法对“经络”的描述
可作为拓荒者的王清任由于医学理论也尚未脱出传统的窠臼，加之这与其只能在坟地与刑场随机观察、无法获得正规的尸体解剖机会有直接关系，误读、误解也在所难免，《医林改错》自然也有错误。赵昺就记的有人提出书中将动脉误认作了气管；将精道、血管与溺孔描绘为互通，就是错误的。
想想五百多年后，西方医学解剖知识已经传入中国，时人的认知还是这种程度。当前的只能说是十分粗陋，即没有详细的骨骼解剖图，也没有血管
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