表皇帝镇戌一方的军政领导，封藩而不治藩，重点在军政监察和军事镇戌，且与官僚制度互为补充，其独立性已经有所削弱了。中统年间，忽必烈开始建立从朝廷到地方的汉式官僚机构，并对投下五户丝制做了部分改变，改五户丝为中书省“关支”。
然而，忽必烈是在许多蒙古诸王的拥护下夺取汗位的，李璮之乱有加深了忽必烈对汉人的猜疑。这些因素导致忽必烈既要加强皇权，削弱藩权；同时又要保护宗王的利益，以换取拥戴。随着形势的变化，皇权与藩权的冲突越来越明显。
就趋势而言，为了集中皇权，忽必烈不得不实行由温和到强硬的削藩策略。在彻底削弱汉人世侯的同时，朝廷对蒙古诸王也采取了一系列的限制措施。到至元初年，忽必烈接受大臣‘以亲驭疏，捍卫朝廷’的建议，相继分封诸皇子为王，出镇西北、西南等地。
这些边镇的皇子，大多有相应的王位印章。他们或以王府官兼行六部，或总览军政民务，具有很强的自主性。特别是北平王、安息王等嫡皇子，辖区和权限又明显超过庶出皇子。而目的也是让皇子代表朝廷统兵镇守一方，以平定各地叛乱。
但元代朝廷集权与旧有的宗藩分封制度本身就是相互矛盾的。几年后，各地藩王连续出现问题。忽必烈从巩固朝廷权威的角度出发，又对包括皇子在内的诸王普遍削弱实权，设置地方行省兼领投下分地，分解只必帖木儿兀鲁思和东道诸王兀鲁思，役使、检括兀鲁思领民，立都万户府编组各投下签起的军队等等。
经至元削藩，诸出镇皇子的权利已经大为削弱。以后又有南朝侵入江南、经略云南、攻取川蜀等一系列战事，导致分镇诸地的近支宗王败亡。而后真金为了充实腹里地区的实力和恢复在战争中损失惨重的侍卫亲军，征调草原诸王率部族军南下中原，进一步削弱了宗王们的实力。
而在南朝二次北伐中，这些南下的草原宗王部族军基本损失殆尽，以致此次应诏勤王的出镇宗王，仅有安西王阿难答统领的哈剌赤军，和林
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