其次蒙元经济政策的缺陷导致了财政崩溃，进而影响到了汗位的稳定，使得草原势力与中央政权间的离心力增加。而忽必烈制定的‘赐赉制度’可谓是罪魁祸首。
当初蒙古的政治中心是和林，征战四方劫掠的财物和占据税收极大部分的税赋也输送到此。忽必烈将政治中心转移到中原后，库里台大会的主要王公们在留守草原，为了拉拢这些王公贵族，每逢登极、亲政、万寿、徽号、配享、升祔、册立、军功、婚丧等等，不管是哪种名目之下都是要给这些王宫贵胄赏赐。
加之蒙古草原在元朝时期往往都有雪灾、旱灾，为了保持龙兴之地的稳定，元朝几乎每年都要赈济留守族民，保证他们相对富裕的生活。如此极大的加重了朝廷财政负担,而随着江南这个大钱包的丢失，元廷再无力供养草原们的权贵，赈济族民。吃滑了嘴的人们，突然被断了奶，加剧了本就已生的嫌隙，当然对朝廷和大汗心生不满，也不愿再效忠。
此外就是信仰上的混乱加剧了思想上的分裂。蒙古各部原先信奉的是萨满教长生天，铁木真时期全真道长丘处机七十四岁高龄远赴西域劝说止杀为善，也造就了早期道教在元朝占据主导地位的全盛时期。
乃真后信奉佛教，随后引发佛道辩经，得胜的佛教成为蒙元主流，一度甚迫使得道之人改信佛教，并焚烧道教经典。而后佛教引发红黄教争，又将高层牵扯进教派冲突当中。思想极其的混乱，使得汗位争斗往往牵扯上教派争斗。
大量中亚和阿拉伯人又带进来***教，景教、拜火教、东正教、犹太教、摩尼教、湿婆教都大量传播，教派管理却是一片混乱。元朝中央一直犹犹豫豫，时而给与合法地位甚至封赏，时而坚决打压消灭。特别是儒家也被元朝政府视为宗教，管理模式参考佛教。孔子的地位上升了，但儒生地位大大下降。
蒙元因为采用怯薛入朝和官吏互通的选官制度，官员大多数没有接受传统儒家教育，思想上很难有所觉悟。汉地所有的天下为公一类思想在官员中并没
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