在柯南准备跟踪的时候，那个黑衣人却在柜台那了一个箱子进了厕所，然后厕所就发生了爆炸。
之后柯南发现，那个黑衣人大个子可能并不是凶手的目标，这一次是误杀！
原来，凶手将装有炸弹的箱子寄放在柜台，利用所有公司职员的箱子都是一模一样的这个特点，想让被害者拿走那个有炸弹的箱子。
可是被想到被害者也在利用柜台寄放处做见不得人的交易，那个装炸弹的箱子阴差阳错地被黑衣人大个子拿到了，然后他非常倒霉地被炸死了！
而柯南是因为那个大个子全身黑衣的打扮，还在电话里用酒的名字称呼其他人，所以怀疑被杀的大个子就是黑衣人组织的一员。
在沉睡毛利小五郎推理完之后，用小五郎的声音质问那个和大个子进行非法交易的人，却只是知道了他们一直在大黑大厦顶楼见面，而且对方经常调酒。
那里就是黑衣人组织的一个据点！在那里，他们进行出色的编程人员名单的交易！
可是等到杜兰感到那家顶楼酒吧的时候，酒吧发生了剧烈的爆炸，大量的**把一切都化作了灰烬，什么都没有了！
柯南再一次眼看就能找到黑衣人组织的时候，那线索就又一次断开了，整个人都非常沮丧！
黑衣人组织实在是太过神秘了，柯南虽然在自己的老爸工藤优作面前放出豪言，说黑衣人组织是他的案子，可是真正侦查的时候，才会知道是如此的棘手。
心狠手辣，不留痕迹，简直就是一般狡猾又残忍的恶魔！
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