任拿破仑一点点的侵占大半个尼罗河三角洲，但法国人就算没有后援物质的到来，在大量的储备弹药用完之前，他们的日子也会过得很舒坦。
虽然在没有外人的时候，他会对着自己最亲近的人大吼：“督政府里尽是一帮混蛋！他们嫉恨我，恨不得我死在这里才快活。而且，你看全军有多么不满，谁也不愿呆下去。”
但是对于外头，对于整个法国远征军，拿破仑要做的还是振奋部队精神，驱散悲观情绪。他鼓舞部下
说：“这样，我们被隔绝在埃及的土地上了。这很好。我们必须在惊涛骇浪的大海上活下来，大海会平静下来的。或许命运注定我们要改变天方的面貌。我们一定要留在这里，像古代人那样在这里完成伟大的功业。”
“埃及曾经是一个强盛的帝国。它在向英国的进攻战中具有多么优越的位置！”
“我们将不得不创立一个大帝国。……海洋把我们和祖国分开了，可是随便哪个海洋都不能把我们和非洲分开，也不能把我们和亚洲分开。我们的人数很多，我们不会缺少补充我们队伍的人力，我们也不会缺少弹药。”
在用嘴皮子向手下的士兵宣扬鼓舞的时候，拿破仑也很清晰的意识到，自己必须迅速而有效地把埃及组织起来，必须在埃及站稳脚跟，因为法军还要在此地呆相当长的时间。
拿破仑那灵活的、爱思索的脑袋似乎有使不完的灵感，战争、防务、税收、政府、法院机构、贸易、艺术和科学，全都引其他的注意。
伊拉姆在埃及经营了那么多年也无法完成的‘改革’，拿破仑用自己手里的刀枪轻而易举的达成了。他毫不迟疑地发出一道道命令和指示，为的是防止失败和迫在眉睫的危险。甚至拿破仑还以法国科学院为模式建立了埃及科学院，数学家加斯帕尔·蒙日任院长，拿破仑任副院长。科学院的任务就是“促进埃及的进步和传播化”。
考古学者、地质学者和历史学家从尼罗河到阿斯旺瀑布，考察古代王国的遗迹。
科学家、工程师们则研究防治传染病和设计灌溉工程。在总
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