，并称“三司”。三司互不统属，各对中央负责。都司负责管理所辖区域内卫所，以及与军事有关的各项事务，是地方平时最高军事领导机构。各省都司之外，在边防要地则单设都司，实行军民合一的统治，如辽宁都司，治定辽中卫今辽宁辽阳大宁都司，治定大宁卫今内蒙古宁城，万全都司，治定宣府卫今河北宣化。还在边境海疆的北平、山西、福建等地设置行都指挥使司，在中都设置留守司，以补都司之不及。
都指挥使司设都指挥使一人，正二品都指挥同知二人，从二品都指挥佥事四人，正三品。经历司经历，正六品，都事，正七品断事司断事，正六品，副断事，正七品，以上二属司各有吏目一人司狱司司狱，从九品。经历司、断事司、司狱司三个职能机构分别负责处理来往公文及刑狱之事。地方若有重大军务，须三司合议，并列署名向朝廷汇报。此外还有仓库、草场大使、副使等掾属。都司内部的分工大体是，都指挥史及同知、佥事，以其中一人统领司事，称为掌印一人负责练兵，一人负责屯田，称为佥书有的则分管巡捕、军器、漕运、京操、备御等事务。经历、都事则典掌文书，断事处理军队刑狱。遇有战争，朝廷临时派将，并非都司指挥作战。
都司之下，连郡者设卫，要害地系一郡设千户所。卫设指挥使一人，正三品，指挥同知二人，从三品属员有指挥佥事四人，正四品镇抚司镇抚二人，从五品，经历司经历，从七品，知事，正八品，吏目，从九品，仓大使、副使各一人。各卫统领本卫及属所的军政，指挥使、指挥同知，指挥佥事的职掌分工，类似于都司。凡指挥使、同知、佥事负责管理卫事者，称为掌印、佥书。掌印主管全卫军士的调拨、增补、选拔以及军旅防御之事佥书分理屯田、营操、验军、巡捕、漕运、备御等事出征时，各卫率领共属所听从朝廷所派将领的调度。
每卫大抵56oo人，下辖五个千户所，每千户统兵112o人，设千户一人，正五品，副千户二人，从五品，千户、副千户分管军务，一人掌印、一人佥书。镇抚二人镇抚
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