后，再有战事时，朝廷又派中央大臣到地方巡抚，事毕复命。久之，巡抚也成为固定的官职，长驻地方。巡抚多以都御史或副佥都御史充任，其基本职能是监察地方，考核官吏，督理税粮，抚安百姓，控扼险要，固守城池等。以后偏重于军事，整饬边备，提督关隘，赞理军务者越来越多。如成化八年1472巡抚余子俊于榆林镇督修长城177o余里。
明朝规定巡抚兼军务者加提督军务，有总兵地方加赞理、管粮饷者加总督兼理等名义。各地巡抚实际上已经掌握一方的民事和军务大权，总兵官、都、布、政三司使都时为巡抚的下属，听其指挥。后来长城防线局势日趋紧张，战争此起彼伏。当时修筑长城，或调兵遣将多涉及几个镇，为调节、辖制各镇，以利统一作战，朝廷又添设总督军务或总制或总理，派重臣出任，有的成了长设之官。
如弘治十年1497在长城防线设置延绥、甘肃、宁夏三边总制总督，并明确诏令总督文武，自总兵、巡抚而下皆听节制。总督具有了广泛的综合权力，出则为一方军政之，入则为朝廷显官，巡抚、总兵，地方之司俱听节制，举凡行政、军政、司法、监察之权，无不过问。明末，为阻后金军入关，朝廷又将兵部尚书外出经略，后来又派大学士出来督师，权力又在总督之上。
明初地方最高军事长官为都指挥，一变而为总兵官，再变而为巡抚，三变而为总督，最后变为督师。这种转变基本是沿着两个方向进行的：一是将平时体制转变为平战结合的体制，二是文官参与军队的管理，加强对军队的控制。
平战结合的这种体制，平时训练军队的将领就是战时指挥作战的军官。为了取得战争的胜利，平时这些将领就要认真操练部队，比卫所军的将领责任心更强战时将领熟悉所属部队士兵的情况，士兵能较好地体会将领的意图。这对夺取战争的胜利是十分重要的。
文官参与军队管理这种政策却有两面性。一方面有利于部队的稳定和贯彻朝廷的意图，使部队真正成为统治阶级的工具。另一方面使有军事才干的将领受到
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