伯尔纳。他仿佛注定要与阿伯拉尔为敌，决一死战。
特别是阿伯拉尔的那本道德哲学的代表著作认识你自己问世后。招到了教会方面更为严厉的批评。在书中，他认为罪恶的产生主要是在于意图而非行动没有一个行动甚至是杀人其本身是有罪的。所以一个母亲，因其婴儿穿衣太少无法温暖时，紧紧地把婴儿抱在怀中，结果无心地使婴儿窒息而死。她杀死了她所爱的，虽然她受到法律的制裁，以使其他妇女提高警觉，但在上帝眼前她仍是清白的。更深一层来说，要构成一个罪行，须行为者不仅是触犯了别人，更重要的是违背了其自身的道德良心。因此杀害基督教的殉道者，对于罗马人并非是罪，因为他们相信这样的迫害，对保存他们的国家或是他们信仰的宗教来说都是必要的。不但如此，而且“甚至那些迫害其所认为有责任去加以迫害的基督以及他的跟从者的人，其行为固然被认为是有罪的，但假若他们违背良心，释放基督徒，则所犯的错误及罪行将是更大的。”这种解释即使合乎逻辑，也是使人愤怒的。但是，在这种理论下，罪恶的定义是对神的法律是一种亵渎，同时也增加对“犯罪意图”曲解的成份除了少数像保罗类型的人物，何人会承认他是违背良心行事？在16条使阿伯拉尔在1141年遭受控诉的原因中，有6条原因是因此书而生的。这明显违反了基督教的正统教义，让教会深感不安。
因为这本书，阿伯拉尔开启了与教会传统势力的正面交锋，也引来了伯尔纳排山倒海般的猛烈攻击。伯尔纳还煽动教会批判阿伯拉尔的学说。
与强大的教会对立，使他处于十分不利的境地。而且他假设的定义在宗教信仰内没有任何的奥秘，以及所有的教条都应作出合理解释的观点，比任何异端邪说更使教会感到困扰。也许是他太执迷于逻辑，以至于把“神的话”也当成了一种逻辑。这是一种以非传统的方法在引导着正统的结论，如果这个论调只是他本人自己的一种论调，也许不会有人理睬他。可是，成百上千的学生都在热切地追随着他，在受到着他那善变的逻辑
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