直到三国、魏晋的二百余年间，这种流行恶疫呈十年二十年的周期反复发作，频频不已，绵延不断。一个很触目惊心的数字是，中国的人口，直到六百多年后的隋文帝时代，才恢复到六千万人，勉强达到了文景盛世时代的数字，这六百年间，除去战乱，就是瘟疫的肆虐。
找到了样板，接下来就是如何治疗的问题了，好在这种瘟疫在古代不亚于前世的**，所以历代名医莫不是花费了毕生的经历研究，治疗这种瘟疫。
如晋朝葛洪肘后备急方对温疫也有论述，认为“伤寒、时行、温疫，三名同一种。……其年岁中有疠气兼挟鬼毒相注，名为温病。”并立“治瘴气疫疠温毒诸方”一章，记载了辟瘟疫药干散、老君神明白散、度瘴散、辟温病散等治疗、预防温疫的方剂。
隋朝巢元方诸病源候论&p;8226疫疠病诸候认为疫疠病“其病与时气、温、热等病相类，皆有一岁之内，节气不和，寒暑乖候，或有暴风疾雨，雾露不散，则民多疾疫。病无长少，率皆相似，如有鬼厉之气，故云疫疠病。”并认为岭南地区的青草瘴、黄芒瘴等瘴气也属疫疠病范围。并进一步指出：“此病皆因岁时不和，温凉失节，人感乖戾之气而生病，则病气转相染易，乃至灭门，延及外人，故须预服药及为法术以防之。”
唐朝孙思邈千金要方&p;8226卷九&p;8226伤寒立“辟温”一章，记载治疗温疫的方剂。
出于唐朝王冰以后的素问遗篇，认为温疫与五运六气变化异常有一定的关系，故有金疫、木疫、水疫、火疫、土疫“五疫”及“五疠”之称。说明古人已经意识到温疫的致病原因不同于一般的六淫外邪，而是一种疫毒之气。
宋代医家张从正儒门事亲&p;8226卷一&p;8226立诸时气解利禁忌式三：指出“又如正二三月，人气在上，瘟疫大作，必先头痛或骨节疼，与伤寒、时气、冒暑、风湿及中酒之人其状皆相类。慎勿便用巴豆大毒之药治之。……夫瘟疫在表不可下，况巴豆之丸乎。”对瘟疫的临床表现、治疗提出了自己的观点
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