八思巴说的正是唐朝松赞干布迎娶文成公主的故事，于是忽必烈翻看汉地史籍，发现这些在唐书里都有记载。此后八思巴又说了些典故，经验证都是真的，于是忽必烈对八思巴佩服有加，请求他传授喜金刚灌顶藏传佛教重要仪轨之一。但八思巴又提出一个条件：“受灌顶之后，上师坐上座，要以身体礼拜，听从上师之言语，不违上师之心愿。”忽必烈哪里肯接受？察必又出来圆场：“人少的时候，上师可以坐上座。但当王子、驸马、官员、臣民聚会时，汗王坐上座。”就这样，忽必烈以八思巴为上师，奠定了后来元朝以藏传佛教为国教、设立帝师制度的基础。
八思巴应召谒见忽必烈薛禅汗，当时忽必烈夫妇及其子女以世俗人拜见上师的礼节会面八思巴，他们共二十五人先后在八思巴前受密宗灌顶。忽必烈向八思巴奉献财宝作为灌顶的供养。
四年后八思巴回藏从康区迎请那塘堪钦札巴僧格受比丘戒，完成佛教出家僧人生活中最庄严的仪式。不久，八思巴又返回上都。当时蒙古汗王对佛教、道教等不同派别的宗教，还能够比较公平地对待。所以，佛教与道教之间常发生辩论事件。为了解决此事，蒙哥汗王命忽必烈主持并判定两派优劣，
蒙古宪宗八年，蒙古大汗在上都的宫殿隆重举行了佛道辩论会，两派各参加十七人，佛教方以少林寺为首组成，八思巴以观摩者身份出席，但在辩论中道教以史记为论据驳斥佛教正统，佛教方一时无以应对，此时八思巴引用道教的论据进行阐述列举出道教方的论据自相矛盾。最终，辩论以道教一方承认自己辩论失败而告终，十七名道士削发为僧，少许道观也随之改造成佛教寺院。
两年后，忽必烈继任蒙古汗位，立即封八思巴为国师，赐玉印，任其统领所有僧众。僧人不可违背上师之法旨，要谨慎修行。对乌斯藏各教派一律尊重，无论军官、军人、达鲁花赤、金册使者等对僧人不准欺凌、摊派兵差赋税劳役等，寺庙的土地、水流、水磨等谁都不准夺占、强取。次年又赐诏文日：“普天之下，大地之上，西天佛子，化
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