九头蛇其实是已经存在了很久很久的组织，甚至连追溯到公元前五千年的古埃及王朝时期。二战时期是红骷髅盗用了九头蛇的名义来为纳粹招揽人才，其中还有神盾局的前身科学战略部门强行污蔑并借此借口来夺取真正属于九头蛇的财产等事。在一套套的证据以及暗中操控舆论等多重手段之下，九头蛇很快就完成洗白，并在随后对已经失控的神盾局的战争中打响了名声。然后，那些本来就是九头蛇成员的家伙们纷纷离开自己明面上的岗位，大张旗鼓地加入九头蛇，向公众制造出九头蛇众望所归的假象。
结果在击败神盾局之后，九头蛇很快就取代神盾局的位置，成为了世界上最大的情报机构。
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