破坏，科学家们没办法稳定三人体内的能量暴动，只能将他们暂时低温冷冻起来。
两百多年过去，人们几乎已经忘了这三具被冷冻的躯体，直到后殖民时期，战争再一次爆发，无月决定再一次重启指挥战甲，这时人们才想起来那三个被冷冻的人。
他们被匆匆运回星际议会所在的星球，进行解冻唤醒。两百年过去，技术进一步发展，想要稳定这三人体内巨大的能量并不是问题，因此他们被唤醒后，洗去记忆，成为了指挥战甲的操控者，大家叫他们指挥官。
眼下唯一的问题是，指挥战甲一共有四个，而指挥官只有三人，剩下的战甲怎么办？没有指挥官操控指挥战甲，那跟随他的机甲军团也无法操控。
在这种情况下，深受压迫的殖民地反抗组织选出了自己最好的战士，申请进入星际议会的军事研究所，他们希望这些战士中，有能够操控指挥机甲的人。
三十名最优秀的战士被送入军事研究所，他们在这里接受了基因升级以及极其痛苦的身体改造，但依旧没法操控指挥战甲。最后，有一名战士自愿接受致命剂量的伽马射线辐射，他希望自己也能创造奇迹。
幸运的是，他活下来了，成为了第四位战甲指挥官。
四位指挥官带着自己的机甲军团加入了战争，但莱恩将军的克隆人军团显然不好对付，战争旷日持久，几乎将整个本源星系破坏殆尽。
胜利的曙光最终还是到来了，星际议会和殖民地革命军通过谈判得到了智慧者联盟的支持，ai大军加入了战争，最终三方势力合力将克隆人军团剿灭，将独裁者赶下台，殖民时代结束，新的纪元开始。
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