用来自屯田所获，而且饷银也比卫所军和民壮要高。
到了嘉靖年间，募兵的骑兵与步兵以及车兵开始拥有正式的编制——营哨制。
一般是五人为一伍，二伍为什，三什为队，三队为哨，五哨为总，五总为营。每营兵员3000人。这是南方明军的营哨编制，北方稍有变动，但大体相当，戚继光的蓟镇陆军编制，十二人为一队，三队为旗，三旗为局，四局为司，二司为部，三部为营，人数也在3000人左右。这是明朝中后期的主要军队编制形式。
明朝后期，卫所军和营哨军的分工也开始划分，卫所军主要负责驻守，治安，训练新兵和屯田。
而营哨军则主要负责机动作战。
因此，卫所军成了正兵，而营哨则是机动的奇兵。
到了万历时代，为了契合这种分工，卫所军若想参战，则必须编入营哨建制，同时，卫所的军官只负责士兵训练和日常管理，不负责指挥作战，而营哨军官除了要负责士兵的训练，还要负责指挥。
编入营哨的卫所军官的编制也要遵守营哨的编制，因此明朝中后期的主要作战部队都是营哨军。
无论是募兵，征兵，还是卫所制度，并无优劣先进落后之分，而是应对不同的情况而采取不同的管理措施。各有各的优势和缺陷，卫所制的优点是在生产力遭到破坏，社会产出弱时，卫所制度可以有效的节省军费开支，能够保证军队自给自足，并减轻百姓的负担。但缺陷是，一方面，卫所军除了要作战还要分出部分兵员去从事屯田任务保证军粮补给，于是，卫所军中区分了守军和屯军，其中守军是作战力量，屯军负责团体。
相比募兵，同数量的卫所兵能够提供的作战力量有限，另一方面，由于卫所军世袭，一旦和平时间较长，军队中容易老少掺杂，战斗力容易下降。
如果军官侵占了国家供给军队的屯田，士兵则会沦为军事长官的私人农奴，这样导致守军数量更少，战斗力也就很难保证。
卫所制度的设计，和唐朝的府兵制度类似。用于在社会生产没有恢复时，作为维持大量武装需求的制度。
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