守正不阿，从不媚上，以致在任8年未能得到升迁。
孙祖寿为官清正廉洁，自律甚严，对自己的儿子也起着潜移默化的影响。
孙祖寿初到固关，忽染重病，妻子张氏割下手臂上的肉为其疗疾。后来孙祖寿病愈了，其妻却死了，孙祖寿为纪念其妻，终身不再接近妇人。
孙祖寿的妻子死后，上司及僚属给其子孙繁祉500金，孙繁祉坚却不受。
日后其子来营探亲，孙祖寿特意赐儿子一杯酒，说:“你未接受这500金，说明你能体察我的心，否则我不会饶恕你。”
万历四十二年(1614年)，经指挥使付振商举荐，孙祖寿调任蓟镇标营都司。
万历四十五年(1617年)，有一股强盗窜入孙祖寿的防区，孙祖寿与敌交锋，强盗用槊来刺，孙祖寿并不躲闪，展臂让过槊锋，紧紧夹住槊杆，抽刀砍其臂膀，吓得强盗弃槊而逃。孙祖寿打了胜仗，被提升为游击将军。
天启元年(1621年)，孙祖寿任蓟辽镇参将。正值辽阳失守，援兵溃败，驻山海关的督抚紧闭关门，不让溃兵退进关内，溃兵气愤已极，意欲攻关。
督抚令道府官员前去安抚未能奏效。孙祖寿请求单骑出关安抚溃兵，溃兵仰慕孙祖寿的德行，很快安静下来并服从他们的调遣安置。
督抚为了表彰孙祖寿的功绩，调他担任中协副将。
兵部尚书孙承宗到边关视察，将蓟镇三协十二路分设三员大将，命令孙祖寿统领西协，驻守在遵化，统辖石匣、古北、曹家、墙子四路。
当时武备松弛，人心涣散，刑罚不严，号令难以执行。孙祖寿上任以后，革除陈规陋习，禁止请客送礼，谢绝说人情、走后门。他还悬下赏格，严明法度自副将、参将以下，作战不胜，革职不用。
孙祖寿的改革措施令人耳目一新，在军营上上下下引起了震动，发生了震慑力。
孙承宗在皇帝面前称赞孙祖寿“一钱不取，廉勇绝伦，真是将帅中的佼佼者啊!”
天启七年(1627年)，孙祖寿奉命率兵增援宁锦经略使。巡抚高第中途传箭令其回防。孙祖
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