努尔哈赤对他日见亲信。
1587年（万历十五年），额亦都率军攻打巴尔达城。行至浑河时因河水暴涨而受阻。额亦都命令士兵把绳子系在身上，鱼贯渡河，并连夜率勇士攻城。守城士卒被惊醒，仓促应战，乱箭齐发，射穿额亦都的大腿，将他钉在城墙上。额亦都挥刀砍断箭矢，奋力再战，身中五十多处创伤仍不退却，终于夺下城池。战后，努尔哈赤授他巴图鲁称号。
不久，额亦都在对萨克察的战役中，率军连下克尼玛兰城、章家城、索尔瑚寨。后来，界藩城有盗马贼科什盗取建州九匹马，额亦都单骑追斩科什，将马匹全部夺回。嘉木瑚人贝挥巴颜叛附哈达，额亦都将他父子五人全部诛杀。
1593年（万历二十一年），叶赫、乌拉、哈达等九部联军进犯建州，攻打黑济格城。努尔哈赤亲自在古勒山陈兵抵御，并命额亦都率百骑挑战。额亦都力斩九人，击退敌军，生擒叶赫贝勒布寨，趁胜夺取诺赛寨、兆佳村。不久，纳殷路首领搜稳塞克什再次聚集七寨兵马，据守佛多和山。额亦都与噶盖、安费扬古攻破佛多和山，斩杀搜稳塞克什。
1899年（万历二十七年），额亦都随努尔哈赤平定哈达部。1607年（万历三十五年），额亦都随贝勒巴雅喇征讨东海女真渥集部，夺取席黑、俄漠和苏鲁、佛讷赫拖克索等三路，不久又随军灭亡辉发部。
1610年（万历三十八年），额亦都奉命安抚渥集部的那木都鲁、绥分、宁古塔、尼玛察四路，招降康古礼等十九人，不久又趁胜夺取雅揽路。1611年（万历三十九年），额亦都与何和礼、扈尔汉征伐渥集部虎尔哈路，攻克札库塔城。1613年（万历四十一年），额亦都随平乌达部。
1615年（万历四十三年），努尔哈赤创建八旗，额亦都隶属于镶黄旗。1616年（后金天命元年），努尔哈赤自称汗王，建立后金，任命额亦都、费英东、何和礼、扈尔汉、安费扬古为五大臣，参与国政。
1617年（天命二年），额亦都与安费扬古攻打明朝，夺取马根单、花豹冲、三岔儿等
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