此对他赏识有加，允许其留居北京，深得信任。
1601年，明神宗下诏允许利玛窦等人长居北京，作为欧洲使节被召命带进北京紫禁城。至此他将一直拥有朝廷的俸禄，直到临终。但大明朝廷根本没有注意到，利玛窦长住北京的目的是为了传播基督教。
利玛窦在北京以丰富东西学识，结交中国的士大夫。常与宾客谈论天主、灵魂、天堂、地狱，同时编撰新书。1602年-1605年，出版《两仪玄览图》第三版中文世界地图，以及其他著作《天主实义》、《天主教要》和《二十五言》，得到不少中国知识分子的尊重。
到了1605年，北京已有200人信奉天主教，当中有数名更是公卿大臣。这当中最著名的，也是后来对利玛窦传教事业帮助最大的，当属“圣教三柱石”——徐光启、李之藻和杨廷筠。
徐光启是南直隶松江府人，曾在南京与利玛窦会面，之后入天主教。利玛窦在北京期间，徐光启正供职于翰林院，他与利玛窦结下了深厚的友谊，二人协力翻译了《几何原本》和《测量法义》等著作。
李之藻是浙江仁和人，时任太仆寺少卿。他师从利玛窦学习西方科学，之后也加入了天主教。他与利玛窦合作编译了《同文指算》等书籍。
杨廷筠是李之藻的同乡，在北京担任监察御史。杨廷钧早年是虔诚的佛教徒，后在利玛窦和李之藻等人的感召下受洗入教。
“圣教三柱石”身体力行实践教义，他们劝说家人、朋友入教，为传教士提供经费，并且在天主教遭受教难之时上疏抗辩，极力保护传教士。
通过利玛窦的不懈努力，天主教在中国得以传播。利玛窦留居北京之后，全国教徒人数骤增，涵盖了平民、士大夫、皇亲国戚等各个阶层。
与此同时，西方的科学技术伴随天主教传入中国，中国的文化也由传教士们带到西方。
利玛窦初到北京时，住在专门接待外国使臣的宾馆中，随后获准在城内房长住，并可以进行传教活动。
利玛窦选中了宣武门内的一块土地，他在这里修建了一座教堂，这就是著
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