大多数官员如领议政柳成龙、左议政崔兴元、右议政尹斗寿等皆反对宣祖的提议。
经过商议，于万历二十年（1592）六月决定将朝廷一分为二（分朝），一部分人随宣祖渡江，其他人则在光海君的领带下奉宗庙社稷的神主驻守朝鲜。
十八岁的光海君李珲受命“权摄国事”，设立分备边司，赴前线平安道、咸镜道、江原道等地抚军，一路风餐露宿，备尝艰苦。
李珲收集流散的军队和义兵，号召通国勤王，以图恢复。他的举措振奋了朝鲜民心军心，对全国团结一致抗击倭寇起到很大作用，让那些认为亡国的百姓重新拾起希望。
随着明朝大军的介入，战局大为改观，万历二十一年（1593）正月，宣祖从鸭绿江畔的义州南下，与光海君会合于定州；二月，宣祖前往嘉山，光海君仍留在定州供奉庙社神主。
四月，日军撤离汉城，十一月，宣祖与光海君还都汉城。
光海君权摄国事告一段落，分备边司改称抚军司，他又南下三南地区，负责协助明军、安抚民众，万历二十二年（1594）八月完成任务，回到汉城。
明神宗在万历二十三年（1595）封光海君为庆、全军务总督，并表彰他对抗倭作出的重大贡献。
此后光海君坐镇汉城，遥控前线，到万历二十六年（1598）终于驱逐所有日军，光复朝鲜全境。
然而，分朝却使得宣祖和光海君的关系发生微妙变化。
分朝是一种二元体制，即光海君领导着形式上与宣祖对等的朝廷，因此直接侵害了宣祖的王权。
事实上光海君并无便宜行事之权，事事都要报告宣祖所在行朝，使分朝大受掣肘，宣祖甚至连王世子之印都拒绝颁给，可见他非常忌惮光海君利用分朝架空自己，所以牢牢抓住权力。
另一方面，光海君的分朝与抚军也使他功高震主、威望大增，宣祖却威望大跌，不仅国内忠清道人宋儒真试图率民众起义推翻宣祖、拥立光海君，就连宗主国明廷内部也有让宣祖退位于光海君的意见。
对权力非常敏感的宣祖自然将光海君视为潜在
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