开垦的土地，显然无法满足这10万人的需求。大本营需要更多的土地种植甘蔗和水稻。所以，开垦荒地成了社团工作的重中之重，也正是在这个问题上社团遭遇了近乎无解的困难——疾病。
疟疾和痢疾成了社团人口死亡的最大因素，在炎热的夏季，社团甚至一度命令中高层管理人员不得深入内地。而一些负责重要岗位的人比如阿海和林诚，在炎热的夏季不许出城。
实际上社团在对抗疟疾方面已经占据了天时地利和人和。小冰河时期让台湾的温度下降，减少了疟疾发生，而台中一带较高的丘陵地形和相对干燥的环境也让疟疾的爆发低于台湾的其他地方，也正因为如此出现了台湾土著中唯一的一个政权——大肚番。
而在大本营一开始的建设中，华人就占据了主导地位，所以华人的城市村镇都有完善的排水、排涝系统，极大减少了疟疾传播途径蚊虫的数量。但是随着开垦的深入，大量的华人被迫离开相对安全整洁的城镇，进入潮湿闷热的丛林和沼泽地，让疟疾问题瞬间爆发。
疾病带来的损伤，一度制约着社团的发展，毕竟每一个来自大陆的华人都是宝贵的技术力量。即便他们不是铁匠，木匠等匠人，但相对于土著来说，男人都是经验丰富的农夫，女人也会缝纫裁剪等工作。
疟疾问题从一开始得到了社团的重视，但是重视并不代表就能够解决。李明勋从英国东印度公司那里获得了金鸡纳树的种子，金鸡纳树作为这个时代治疗疟疾的神药，一度让李明勋欣喜若狂，但是金鸡纳树需要成长七年才能够成熟，皮方可入药。而青蒿虽然也能够治疗疟疾，但是效果并不是那么的明显。
社团经过调查发现最容易得疟疾的工作是伐木和修建水利，特别是修建水利，工作地点主要在河流和沼泽地，那里蚊虫云集、环境恶劣，而伐木工人还可以通过台湾特产的樟脑熏蚊虫等方式防治。
社团在防疫和治疗疾病方面没有建树，又必须扩张领地的情况下走向了另一个极端，那就是大量抓捕奴隶来进行危险性工作。
世代居住在闷热潮湿的环境中的土著，他们对抗疟疾
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