皈依天主教的菲律宾土著做奴隶，为了反抗这类残暴的海盗行径，保护羔羊不受骚扰，科奎拉请求新西班牙总督区支援一支巡航舰队，执行对付海盗和对香料群岛的荷兰商船进行破交。
最终，这个任务落在了拉斐尔的身上，因为纵帆船不太适合远航，拉斐尔只等率领两艘巡航舰护航两艘大帆船前往菲律宾，在关岛停留的时候，遭遇了风暴，飓风扯断锚链，让四艘战舰失去了控制能力，好在西班牙人的操船能力优秀，也不在风暴的中心，只损失了一艘巡航舰，但是另外两艘大帆船的情况不容乐观，圣帕德罗号损失了两根桅杆，船锚只剩下一副，撞在礁石上的它左舷出现大洞，如果不是紧急搁浅，怕是要沉没了。
另一艘伊博利托号的受损倒是不大，但是进水严重，只有拉斐尔的座舰艾斯特号没有受到什么损失。
大帆船贸易已经八十多年了，按照规矩，因为抛弃圣帕德罗号，把货物和宝箱全部挪到伊博利托号上，与艾斯特号一起返航马尼拉，但是这一次是特殊的，因为去年春天，李明勋把甲米地造船厂的华人工匠全都接走了，西班牙工程师虽然在，但是笨手笨脚的菲律宾土著可造不好这种排水量超过一千五百吨的大帆船，所以在去年六月，两艘大帆船前往美洲的时候，科奎拉就要求必须全部返航（大帆船总是会两艘前往美洲，但是返回马尼拉可能是两艘也可能是一艘），否则明年只能有一艘大帆船前往美洲了。
拉斐尔无法做主放弃圣帕德罗号，又因为两艘船上有大量的走私货物和金银，所以也无法运走船上的宝箱，只能单独返航去寻求马尼拉的帮助。
一切都是顺利的，拉斐尔带回了一支救援队，除了断了的桅杆，圣帕德罗号可以修好，但是刚刚补好了伊博利托号上的渗水点，拉斐尔就接到了关岛遇袭的报告。
实际上，这次预警也仅仅是巧合，修船大量使用木材（不光是船用板材，支撑、协助下水也需要大量木料），拉斐尔派遣士兵雇佣罗塔岛上的查莫罗人砍树协助，但是却在罗塔岛的南端看到了侦查的菲比号，在关岛尚未陷落，拉斐尔就得到了敌袭的
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