对党政军实行统一指挥：军政部由此时归军事委员会指挥.1938年1月公布的《军事委员会组织大纲》规定，该部
部长何应钦为军事委员会当然委员．政务次长仍为曹浩森，常务次长陈诚.1938年1月陈诚调任政治部部长，张定璠接任常务
次长.同时，经过修订的军事委员会组织大纲．对该部的职掌作了具体规定：(1)陆海军建设改进、人马之维持补充、交通通讯之整备，及全国总动员之筹划。(2)陆海军军需、粮秣、被服、装具、营缮及其他军需品之筹办、分配。(3)军械弹药之筹办分配．场厂仓库之建设管理，及民间有关工业资源之利用。(4)陆海军之卫生保健，及卫生机关之筹划运用：与此同时,军政部所属之各署、司机构亦有变动：
军务司司长仍为王文宣．该司辖军事、防务、整备3个科。1937年7月为适应抗战需要增设要塞组，负责各要塞之整理、建设与行政教育事项。1938年为统筹办理炮兵部队．成立炮兵组，专司其责，
军法司1937年9月军事委员会军法执行总监部成立，将该司所属军法处并入军法执行总监部审判组，仍由军法司人员兼办：该司司长仍为王震南：[http://www.kanshU.com]
交通司司长王景禄。抗日战争爆发后，由于交通业务日益繁重，陆续增设汽车、燃料、经理3个科.
兵工署仍以俞大维担任署长。所属除署本部外，军械司、司长陈隐冀．1938年陈隐冀调任参事，陈东生任司长：1937年9月增设机械、兵器2个科：制造司。司长杨继曾。技术司，司长仍由俞大维兼任。
军需署署长周骏彦，所属各司基本没有变化。
军医署1937年9月由军医司扩大而成，司长原为梅贻琳，扩大为署后于1938年7月任命胡兰生为署长,下设3个处及1个视察室，以下分科办事：第一处分人事、经理、事务3个科及会计室：第二处分医务、伤病处理、材料3个科；第三处分教
育、卫生2个科及统计室。1
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