持统上皇病发，去世后经一年的殡礼后火葬，骨灰合葬于天武天皇之墓，这次是天皇火葬的首例。
总的来说，持统天皇在日本历史上，是个很有特色的女性天皇，与其他女帝常常由别人代行执政不同，持统天皇统治期间的政策完全是由持统天皇亲自推行的。持统天皇不是政治上的装饰品，而是有执政能力的实质的统治者。
记载持统天皇辅佐天武天皇平定天下，在政治的各个方面献言献策。退位于文武天皇后仍与文武天皇并座，处理政务。持统天皇对政治的干预不仅限于其在位期间。持统天皇和天武天皇一起，被和歌歌颂为“大君是天神降世”，天皇权力强化路线达到了最高点。
作为政治家的持统天皇的作用和动机，通常的看法是持统天皇要在天武天皇之后，由其子草壁皇子、孙轻皇子继承皇位。持统天皇希望草壁皇子被立为天武天皇的继承人，说服天武天皇册立草壁皇子为皇太子，在天武天皇死后，又排除了草壁皇子的潜在皇位竞争者大津皇子。持统天皇计划在天武天皇的葬礼结束之后，就让草壁皇子即位，但草壁皇子在计划实现前就去世，不得已只能由自己亲自即位。但远山美都男认为，持统天皇并不是只打算做一个政权过渡人物，而是要作为君主行使实质性政治权力。持统天皇从一开始，就以皇位为目标，拥有政治上的野心。
以持统天皇积极进取的性格和优秀的能力为前提，有很多谋略被认为是持统天皇所筹划。壬申之乱，通常的看法是由她协助大海人皇子发动，甚至有人认为她就是壬申之乱的首谋。
这样的一个女人，即便是放在华夏，那也是武则天一类的人物，有心计，有胆识，有谋略，最重要的是有野心。
天武天皇对凡海氏皇后也十分倚重，见是她来了，禁皱的眉头才稍稍松开了些：“皇后！唐国不肯言和，皇国危在旦夕，朕岂能不忧虑啊！”
凡海氏皇后闻言，道：“阿毕麻吕大人不是说已经说动了几个豪族番主出兵，抵御唐军了吗？只要有人能响应
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