产生可能是其发生的关键一步。放疗或化疗后的DNA损伤可能在这一过程中起关键作用。广泛或错误的DNA损伤会导致基因组不稳定，导致重新排列的多肽序列的翻译。此外，基因间不稳定性的增加可能导致转录物的过度表达，事实上，异常丰富的蛋白质是肿瘤新抗原的已知来源。
?DNA修复通过两条主要途径进行。在细胞周期的G2/M期，互补姐妹染色单体用于准确复制序列信息和修复无错误同源重组（H
R）中的断裂。另一方面，在G1期缺乏同源模板序列的情况下，DNA断裂主要通过非同源末端连接（NHEJ）进行修复。然而，细胞中存在许多其他的DDR途径，如选择性末端连接（Alt-EJ）；当HR和NHEJ被淹没或失活时，可使用这些功能。关键的是，这种替代性DDR途径通常具有内在致突变性，这被认为是基因序列变化的一个来源。事实上，新抗原经常由于肽序列的改变而出现，典型DDR途径的失活突变与肿瘤新抗原的增加相关。我们认为，DNA损伤会产生新抗原，当免疫细胞在克隆选择的人群中复发时，这些新抗原会成为免疫细胞的攻击点，从而出现远隔效应。
?特异性抗癌免疫反应性由识别肿瘤新抗原的CTL上的T细胞受体介导。为了开发肿瘤疫苗，已经对新抗原的特性进行了详细的研究，并且新抗原可能通过多种途径产生，所有这些途径都依赖于DNA损伤驱动的核苷酸序列变化（图3）。一类新抗原是由损伤诱导的重排驱动的，导致异常的启动子易位和蛋白质的非典型高表达。这是由DSB和异常的、Polθ介导的AltEJ在易位位点发生的。例如，在50%以上的前列腺癌中，转录因子ETS通过与TMPRSS2启动子序列融合而在高水平上异常表达。在前列腺癌的早期阶段，肿瘤细胞裂解后，抗肿瘤CTL针对ETS新抗原启动，随后在大多数疾病的发展过程中，ETS的直接作用和Treg的募集抑制了新抗原。类似地，转移性黑色素瘤通过易位非典型地表达高水
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