平的昼夜节律基因BMAL1，这再次与肿瘤中大部分耗尽的CTL浸润相关。类似地，基因间DSB和随后的修复产生了融合癌基因，如BCR-ABL或-RUNX1，它们是在多种癌症中发现的有文献证明的驱动因素和新抗原。鉴于RT过程中大量的DNA损伤可能促进Alt-EJ的修复，我们提出类似于上述例子的染色体重排可能远隔外肿瘤缓解期间产生免疫靶新抗原。
?新抗原的另一个常见来源是导致肽序列改变的基因突变。这包括导致肿瘤特异性氨基酸变化的错义突变。与这种序列变化相对应的肽在癌症中被识别，并且已经记录了针对这种突变蛋白质的CTL介导的抗肿瘤免疫反应。错义突变与远隔抗肿瘤免疫反应有关。例如，过继转移b-Raf中一个点突变的特异性CTL导致远隔效应削弱。在其他情况下，突变蛋白也过度表达，可能有助于增强其免疫原性。
?错义突变不是导致新抗原肽的唯一遗传变化。例如，错配修复（MMR）缺陷与对ICI的强烈反应密切相关，并且PD-1拮抗剂被批准用于微卫星不稳定的癌症，而与来源组织无关。这是对癌症治疗的首次“肿瘤不可知论”认同，在这类患者中，移码突变可以预测反应，表明这种形式的基因组不稳定性在产生新抗原方面特别活跃。有趣的是，最近的研究表明，在MMR缺乏的情况下，以关键MMR蛋白MHL1的缺失为模型的抗肿瘤免疫可能涉及DSB的过度末端切除和异常DNA修复中间产物，这些中间产物会错分为微核，并通过如上所述的CGA/STING进行检测。然而，考虑到其他MMR因素，包括MHS2和MHS6，也可以预测患者ICI治疗后的抗肿瘤免疫反应，高突变负荷仍然是这种现象的主要促成因素更为合理。对各种癌症类型的系统分析表明，小的INDEL也会产生很大比例的新抗原。事实上，MMR缺陷癌症的移码突变与新抗原的产生有关。无论如何，在RT诱导的远隔效应缓解期间，这些序列变化的根本原因是DNA损伤。NHEJ和A
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