御史虽挑了些刺，但在李瑾准备充分的答复和于志宁、王少监的补充下，未能找到重大纰漏。最终，审议勉强通过了李瑾的阶段性汇报与下一步计划，但要求其对农具成本、创新署账目、海贸风险预案等，提供更详细的补充说明。
有了第一次审议的“过关”经验，后续的推进虽然依旧步步惊心，却在既定轨道上稳步行进。新式农具在更多地区的试用反馈积极，司农寺的评价愈发正面。百工创新署验证成功的“改良筒车”开始在京畿几处皇庄安装，效果显著。海外贸易的筹备也取得了进展，广州市舶使回复积极，表示愿配合“探索”。水师种子学员的选拔也在进行中。
然而，随着“试点”事务的深入和扩展，李瑾越来越感到，现有的架构难以支撑更宏大、更系统的“实学”发展。“百工创新署”隶属于将作监，职能限于搜集、验证民间技艺，层次较低，且受将作监原有官僚体系掣肘。“督行实务使”更像一个临时性的协调官职，依靠李瑾个人权威和皇帝支持运行，缺乏常设机构应有的稳定性、专业性和资源调配能力。他需要一个更高级别、更独立、职能更综合的常设机构，来系统性地推动“格物致知”、“实学经世”的理念，将其从零散的“试点”，上升为国家层面的长期战略。
他将这个想法，与于志宁、阎立本等重臣沟通，获得了他们的理解与支持。于志宁甚至提议，可借此机会，将“科举改制”中关于“明工科”等专科取士的设想，与这个新机构的人才培养功能结合起来。李瑾深以为然，开始精心草拟奏疏。
他避开了容易引起争议的“明工”、“明算”等具体科名，而是从更高的“弘道”层面入手。奏疏以“臣闻欲明明德于天下者，必先格物致知”开篇，再次高举《大学》旗帜。他指出，当今朝廷虽有国子监、弘文馆、崇文馆等教育机构，然所授多为经史文章，于“天地万物之理，礼乐兵农之实，器械舟车之巧，海外方舆之博”，则涉猎甚少，或流于空谈。致使朝廷需用实学干才时，往往“才难其选”。
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