视为“弱才”的黄门侍郎殷仲堪当荆州刺史，果然晋孝武帝听从妙音尼的意见，以殷仲堪出刺荆州。
殷仲堪对桓玄十分敬惮，而桓玄凭借父叔长年治理荆州的威望而专横荆州，士民畏惧他更过于殷仲堪。殷仲堪因而与其深交，而桓玄打算借助其军力，亦取悦他。
五年以后，东晋尚书仆射王国宝、建威将军王绪倚仗当权的会稽王司马道子，因畏惧青兖二州刺史王恭，图谋削弱各方镇，桓玄知道王恭面对王国宝乱政有忧国之言，故此劝说殷仲堪起兵讨伐王国宝，并派人联络王恭，推王恭为盟主。
当时，殷仲堪担忧没有皇帝的支持，自己被众人认为能力未达一州方伯的情况会被王国宝等人利用，终令他被调离荆州。
桓玄亦利用这个担忧劝说殷仲堪，但殷仲堪始终迟疑。
不过，当时王恭原来已决定主动起兵，并联结殷仲堪，殷仲堪此时得报，于是答应了响应王恭。不久朝廷畏惧，故杀王国宝、王绪以息事宁人，王恭亦罢兵。
王恭举兵以后，司马道子忧虑王恭和殷仲堪的威胁，于是引司马尚之和司马休之为心腹。
东晋隆安二年，代国皇帝拓跋珪正式裁定国号为大魏，迁都平城，而因为桓玄请求朝廷让他任广州刺史，而司马道子亦忌惮他，不想他继续盘踞荆州，于是下诏以他督交广二州军事、建威将军、平越中郎将、广州刺史、假节。
桓玄受命后却不赴任。同时司马道子听从司马尚之多树外藩，不料却因削夺了豫州刺史庾楷都督地区而令其劝王恭再度举兵，王恭遂于当年联结桓玄、殷仲堪等举兵讨伐司马尚之兄弟，桓、殷亦奉其为盟主。
殷仲堪认为王恭这次肯定成功，于是积极参战，更分五千兵给桓玄，紧随担任前锋的南郡相杨佺期顺江南下。
杨、桓二人到湓口时，亦为讨伐对象的江州刺史王愉逃奔临川，但被桓玄派兵追获。及后虽然庾楷大败给司马尚之，前来投奔桓玄，但桓玄也于白石大败朝廷军队。
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