及后虽然王恭因刘牢之倒戈而败死，但桓玄和杨佺期进至石头，迫使司马元显回防京师，并命丹阳尹王恺守石头城。
不过，因为刚刚背叛王恭的刘牢之率北府军入援京师，桓玄和杨佺期因畏惧而撤回蔡洲，继续与朝廷军对峙。
当时司马道子打算利诱桓玄和杨佺期，令二人倒戈攻击殷仲堪，于是以桓玄为江州刺史，杨佺期为雍州刺史，而殷仲堪就被贬广州刺史。
此举令殷仲堪大怒，命桓玄和杨佺期率兵进攻建康。
不过桓玄却对这一任命十分高兴，打算接受，又犹豫不决。当时殷仲堪从弟弟殷遹口中又听闻杨佺期也决定受命，于是开始撤军。
随着殷仲堪撤退，杨佺期部将刘系亦先行撤退，桓玄等大惧，又狼狈西退，直至寻阳（今九~江~市）追上殷仲堪。
殷仲堪既失荆州刺史，倚仗桓玄为援；而桓玄本身亦要借助殷仲堪的兵力，故此据势相结，殷仲堪与杨佺期因着其家世声望，共推桓玄为盟主，皆不受朝命。
朝廷见此大为恐惧，唯有下诏安抚，并让殷仲堪复任荆州刺史，请求和解。众人于是受命返回驻地。
早在桓玄在江陵横行时，殷仲堪亲党就已劝殷仲堪杀死桓玄，但没得听从。
桓玄自被推为盟主后，就更加矜侉倨傲，而杨佺期就被桓玄以寒门相待，但出身弘农杨氏的杨佺期却自以其族是华夏贵胄，一直都认为江东其他士族根本比不上他家，于是对桓玄十分不满，更打算袭杀桓玄，可是因殷仲堪顾忌桓玄死后无法控制杨佺期兄弟才被阻止。
当时桓玄亦知杨佺期想杀死自己，于是有了消灭杨佺期的意图，更屯驻夏口，并以始安太守卞范之为谋主。
东晋隆安三年，桓玄请求扩大其辖区，而执政司马元显（司马道子之子）亦想趁机离间桓玄与殷、杨二人的关系，故此加桓玄都督荆州长沙郡、衡阳郡、湘东郡及零陵郡四郡诸军事，并改以桓玄兄桓伟代杨佺期兄杨广为南蛮校尉。
此举
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